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细菌非编码RNA功能相关研究outlineIntroductionTranscription reprogrammingIron homoeostasisEnvelope homoeostasisToxin and antitoxin ncRNAsSugar utilization and metabolic intermediatesAspects and consequences of ncRNA/mRNA interactionsHfq: a key player in RNA transactionsIntroductionncRNAs 调控mRNA的表达和蛋白质功能主要通过两种模式： ncRNAs与mRNAs通过碱基配对形成RNA二倍体，然后改变其转录效率及稳定性, 这类NRA叫antisense RNAs，大肠杆菌中Hfq蛋白通常促进二倍体的形成。ncRNAs与蛋白质结合然后改变其活性，这赋予了细菌适应环境变化的灵活性。Figure 1: Effects of chromosomally encoded ncRNAs on their mRNA or protein targetsTranscription reprogramming细菌中RNAP (RNA polymerase)以两种形式存在：核心酶（两个 α, 一个β和β’亚基）和全酶（σ亚基+核心酶）。σ亚基使启动子能够特异性地和RNAP 结合，大肠杆菌中RNAP与Eσ70结合，保证转录的活性。大肠杆菌的SsrS 是ncRNA调控转录的典例： SsrS是一个184nt的ncRNA，与Eσ70形成复合体降低σ70与RNAP联结的稳定性。 SsrS编码产生一个14-20nt的长RNA（ pRNA），然后Eσ70–SsrS–pRNA 复合体解离。Figure 2 ：Transcription reprogramming by SsrSIron homoeostasis铁离子对大多数的生物体来说都是必要的，因为它是许多参与生命活动的关键酶的辅因子。但是当有氧存在时它是有害的，所以细胞内铁离子的水平必要严格控制确保生理上的需要和避免损害。细菌中是通过调控翻译参与铁离子运输和存储的蛋白质及铁离子依赖性酶基因的表达来调节铁离子的水平。Fur (铁摄取调节子 ) 是主要的转录抑制子，控制铁离子的代谢和其作为辅因子的使用（Fe2+）。大肠杆菌中Fur调控机制依赖ryhB（ncRNA RyhB (90 nt)）基因。 RyhB可以间接地调控铁离子（增加）,并且RyhB也可以调控fur mRNA的表达。Figure 3 ：RyhB ncRNA modulates the free intracellular iron in Escherichia coliRyhB also provides feedback by acting on fur mRNA translationFigure 4： RyhB acting on fur mRNA translationEnvelope homoeostasis细菌的外膜给它提供了结构的完整性，机械屏障：保护它免受内部膨胀压的影响；选择性屏障：负责细胞质与外部环境的物质交换。OMPs(膜外蛋白)是细菌的选择性受体，在相互调控网络的作用下它的数量和性质会随时改变以适应环境变化。在这些调控网络中二倍体（EnvZ-OmpR ,CpxA-CpxR）和转录起始因子σE是主要的因素，它们调控着许多编码膜蛋白基因的表达，比如：OMPs。 Figure 5： Current model of the envelope integrity controlby ncRNAs inEnterobacteriaceaeFigure 6：Summary of sRNA regulators of outer membrane proteins.?Toxin and antitoxin ncRNAs细菌中的TA模式，由编码毒素的基因和编码抗毒素（蛋白质或ncRNA）基因组成。举例介绍四种常见的模式：SOS-induced toxins in E. Coli：The IstR-TisB moduleThe SymR-SymE moduleThe lytic-toxin TxpA of B. SubtilisRcd, a plasmid-encoded ncRNA toxin targeting a host enzyme1、The IstR-TisB moduleFigure 7： Schematic representation of the?istR1-tisB?locus.?2、The SymR-SymE moduleFigure 8： SymR RNA re