校外交流工作汇报--程鹏分析.ppt

姓 名：程 鹏 指导教师：吴清发(教授) 定 鉴 学 息 信 物 生 白背飞虱抗病毒免疫相关性基因的 生 物 信 息 学 鉴 定 白背飞虱抗病毒免疫相关性基因的 白背飞虱抗病毒免疫相关性基因的 水稻病毒病是水稻生产上一类重要的病害，在我国水稻种植区广泛发生，给我国粮食的安全生产带来了极大的威胁。水稻病毒主要由稻飞虱等昆虫介导传播的。SRBSDV主要是由介体白背飞虱以持久增殖型方式传播，两者有很高的亲和性。灰飞虱也能带毒，但是研究发现由于中肠屏障而不能传播病毒，褐飞虱既不能带毒也不能传毒。目前对于白背飞虱抗病毒的免疫性还没有专门的研究，特别是在转录组的水平。 本次研究通过对带南方黑条矮缩病毒(SRBSDV)和不带该病毒的白背飞虱进行高通量转录组测序，然后进行Blast2GO等生物信息学方法分析，结合生物学知识对获得的白背飞虱转录组信息进行解读，重点从转录组层面上发现与抗病毒免疫相关的基因，为分子生物学研究提供帮助，更好地防治水稻病毒的危害。 研究背景 研究目的及意义 目 录 研究 背景 及意 义 转录组从头测序组装 差异 基因 检测 及功 能注 释 测序 产生 读段 定位 研究背景及意义 全文 总结 与展 望 研究背景及意义 KEGG Pathway分析 测序数据质量评估 差异基因分析 检测差异表达基因 Clean reads Reads比对 GO富集分析 Reads从头测序组装 2 3 5 4 6 9 7 8 10 参考序列 原始测序序列 1 筛选免疫基因 11 生物信息学分析流程 研究背景及意义 本研究分析的流程包括对测序原始数据的预处理，拼接转录组，与参考序列比对，对基因表达量的统计，对两个样本的基因差异表达的检测以及后续的功能注释和代谢通路分析。 本研究通过图形化界面Blast2GO分析差异基因，对差异基因进行注释，然后通过GO注释和关键词查找找到与免疫相关的基因。 主要研究内容 本文工作 转录组的从头测序组装简单来说就是将RNA-Seq测序得到的reads按顺序拼接成连叠群(contig)，再组装成支架（scaffold），最后将支架中间的空隙部分（gap）进行补洞，最终组装成较长的序列，即Unigene。从头组装对于无参考基因组的生物的研究提供了一个有效的方法，能够快速获得表达的基因。 组装过程 研究 背景 及意 义 目 录 1 2 3 转录组从头测序组装 差异 基因 检测 及功 能注 释 测序 产生 读段 定位 全文 总结 与展 望 转录组从头测序组装 转录组从头测序组装 组装得到的Unigene长度分布统计图 0 5000 10000 20000 15000 25000 Number of unigene Length of unigene (bp) 组装得到的Unigene长度分布统计图 TopHat软件简介 比对算法 TopHat软件是一款成熟的可用于识别剪接位点的生物信息学常用的软件，它是基于bowtie将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上， TopHat不依赖基因注释，采用二次比对的方法识别剪接位点。首先将能完整比对到参考序列的reads前后拼接起来，形成一系列的粗略的外显子区域；然后，结合剪接位点序列特点构建出可能的剪接位点，将第一步无法比对到参考序列上的reads进一步分割成小片段，同第一步能够比对上的外显区域进行二次比对。 研究 背景 及意 义 目 录 1 2 3 转录组从头测序组装 差异 基因 检测 及功 能注 释 测序产生读段定位 全文 总结 与展 望 测序产生读段定位 测序产生读段定位 TopHat的算法 TopHat的算法示意图 TopHat输出的比对结果（SAM格式）（部分） Read name Sum of flags Reference sequence name Position Mapping quality CIGAR RNEXT RNEXT Length of template Sequence Quality137 contig58888 45 42 90M = 45 0 GGCTGG… IIIIII…69 contig58888 45 0 * = 45 0 GGCTGT… IIIIII…99 contig38843 891 24 90M = 1005 195 CAAACA… IIIIII…147 contig38843 1005 24 76M9I5M = 891 -195 GTGGTG… IIIIII…83 contig10387 1776 42 90M = 1683 -183 CAAACG… IIIIII…