基于高通量测序的基因序列软件解决方案.doc

基于高通量测序的基因序列分析软件使用说明 第一章 简介 本软件是一款综合性的基因序列分析软件，界面友好、操作简单，能够快速方便的获取、贮藏和分析基因序列，并通过数据库查询获得的序列相关信息。 本软件兼容性很强，能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时（通过寻找常用序列格式的特征），会显示这个文件的文本形式，以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列，编辑后可以再被载入程序。此外，本软件在一个项目中可以加入几千个序列或引物，并在整个项目中分析这些序列及标题，每个序列或引物都会自动添加文本标题。 第二章 文件菜单 1. 保存文件 保存PSG文件－允许用户保存序列文件的不同的亚组，依据不同的选项设置选定。 2. 查看菜单 允许用户选定哪种类型的信息用于生成序列列表。如果方案包含超过700个序列，用于展示序列列表的列表框容量将过载。为了避免这些，序列列表的每一行被修短以容纳当前方案中的所有序列。 3. 加工菜单 4. 一般设置 从下拉列表中选择的期望终止值被用于程序的每个部分以区别重要的和不重要的 blast 比 对。选定的值被用于所有的 blast 程序选择。若用户希望使用不同的终止值用于 blastn 比 对，用户必须改变优先选择表中的值。 5. 截短行 通过选择选项 2(only UID remnants)或选项 3(UID r