基因组学第3章基因组结构的维持分析.pptVIP

DNA聚合酶确保DNA复制精确性的机制 核苷酸选择 聚合前选择正确的核苷酸 校对 3’到5’外切酶活性，聚合后切除错配的核苷酸 四类DNA修复系统 直接修复 切除修复 针对诱变损伤 错配修复 针对复制错误 重组修复 人类DNA修复基因 切除修复 主要修复系统，人类参与蛋白最多的修复系统 碱基切除 单核苷酸切除 15个基因参与 核苷酸切除 一段核苷酸切除 28个基因参与 碱基切除修复 DNA糖基化酶 切除碱基，产生无碱基（AP）位点 AP内切核酸酶 产生单核苷酸切口 DNA聚合酶 填补碱基 DNA连接酶 连接断裂 核苷酸切除与UvrAB修复系统 错配修复中子代DNA的识别 针对复制错误，所以发生与子代DNA分子 一个问题：如何区分子代DNA分子? 大肠杆菌中子代新生分子尚未甲基化，从而可以区分 甲基化位点： 5’-GATC-3’ A甲基化 5’-CCA/TGG-3’ C甲基化 以半保留模式为主体的不同复制形式 替代复制 滚环复制 复制过程 DNA的复制发生在细胞周期的S期 起始 延伸 终止 复制起始—双向复制 基因组中形成两个复制叉（复制眼），分别以一条链为模板，双向复制 每条链复制中，DNA合成方向相同：5’到3’ 两条链复制行进的方向相反 基因组结构与复制起点 复制起始存在着固定的位点，复制起点(origin of replication) 细菌：环形基因组只有单一的复制起点 真核生物：线性基因组存在多个复制起点 酵母：332个 人类：20000个 大肠杆菌复制起点 复制起点oriC，长约245bp 2个重复基序 1）9核苷酸5拷贝 DnaA蛋白结合位点 结合30个DnaA蛋白 2）13核苷酸3拷贝 富含AT 几个解旋相关蛋白 DnaA, HU, Dna C DnaB 解旋酶 酵母复制起点 自主复制序列ARS，不足200bp 含四个具相似序列的亚结构域： A+B1 起始识别序列约40bp，为起始识别复合物（ORC)结合部位 B3与大肠杆菌复制起点相似 结合ARS结合因子（ABF1)，从而使B2的双螺旋结构解开 高等生物复制起点 目前仍难以确认 将某些复制起始区域转入复制缺陷性质粒后不能重建复制能力 存在酵母ORC蛋白同源基因 复制延伸 在复制起点形成复制叉 母代双链中一条连续复制，称前导链；一条不连续，称滞后链（半不连续） DNA聚合酶 引物 参与DNA复制的DNA聚合酶 细菌5个，其中DNA聚合酶III是复制酶 真核生物9个，其中DNA 聚合酶δ是复制酶 前导链连续合成，后滞链非连续合成 合成方向：5’到3’ 滞后链合成中，最初形成一些短的片段，称冈崎片段 细菌冈崎片段长约1000-2000个核苷酸，真核生物的冈崎片段则短得多，少于200个核苷酸 模板依赖性的DNA聚合酶需要引物来启动单链上的DNA合成 非连续合成中的引物与引发酶 RNA引物：DNA聚合酶不能作用于无引物的单链模板，而RNA聚合酶可以 细菌中引发酶（primase）合成4-15bp的引物 引发酶不是转录酶 细菌和真核生物在DNA合成引发中的差异 细菌只需引发酶合成RNA引物 真核生物由引发酶和DNA聚合酶α 形成复合物合成RNA引物和其后的约20个DNA核苷酸 大肠杆菌复制需要多种蛋白的协作 拓扑异构酶、解旋酶(DnaB)：解旋 DNA聚合酶III：复制 引发酶；提供引物 单链结合蛋白（SSB)：稳定打开的双链 连接酶：连接冈崎片段 其它蛋白 大肠杆菌复制中解旋酶的作用 DnaB是大肠杆菌中复制相关的主要解旋酶 ，是一种5’-3’解旋酶 它可以沿后滞链移动，同时使碱基对断裂 另外两种3’-5’解旋酶：PriA、Rep 拓扑异构酶解除解旋所产生的扭转张力 大肠杆菌复制中单链结合蛋白的作用 单链结合蛋白（SSB），复制中打开的单链容易重新结合及降解，SSB是一种缺乏酶活性的蛋白，会结合到多聚核苷酸上防止两条链的重新结合及降解。 大肠杆菌SSB是由4个相同的亚基组成。 当复制复合物开始复制时，SSB必须与单链分离，这一作用由复制介导蛋白（replication mediator protein, RMP）来完成。 引发小体（primosome）与复制体（replisome） 引发小体,复制起始中，解旋酶结合到起点以后形成引发前复合物，然后引发酶结合，形成引发小体。 引物合成后，由DNA聚合酶III二聚体来延伸。 DNA聚合酶III二聚体与引物小体结合称为复制体。 大肠杆菌复制中完成滞后链合成的方式 复制酶DNA聚合酶III不具备5’-3’外切酶活性，到达下一个冈崎片段末端的RNA引物时停止