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BLAST
Changing E, T matrix for blastp nr RBP 99 113 90 126 127 6,609 88 145 #HSPs gapped 15 35 59 22 51 85 16 38 64 16 38 64 16 (7.4 bits) 38 (14.6 bits) 64 (24.7 bits) X1, X2, X3 48 124 7,288 4.5m 907,000 112m 10 (T=11) 48 125 11,484 508m 907,000 112m 10 (T=5) 48 88 1,147 73,788 907,000 112m 10 (T=16) 60 110 9,088 30.2m 1.0m 386m 10 (BL45) 82 6,439 86 142 #sequences better than E 66 6,099 46 53 #HSPsE (no gapping) 13,873 8,367 8,367 8,367 #successful extensions 19.5m 5.2m 5.2m 5.2m #extensions 1.0m 1.0m 1.0m 1,043,455 #sequences 129m 129m 129m 129m #hits to db 10 (PAM70) 10,000 (T=11) 1 (T=11) 10 (T=11) Expect Changing E, T matrix for blastp nr RBP 99 113 90 126 127 6,609 88 145 #HSPs gapped 15 35 59 22 51 85 16 38 64 16 38 64 16 (7.4 bits) 38 (14.6 bits) 64 (24.7 bits) X1, X2, X3 48 124 7,288 4.5m 907,000 112m 10 (T=11) 48 125 11,484 508m 907,000 112m 10 (T=5) 48 88 1,147 73,788 907,000 112m 10 (T=16) 60 110 9,088 30.2m 1.0m 386m 10 (BL45) 82 6,439 86 142 #sequences better than E 66 6,099 46 53 #HSPsE (no gapping) 13,873 8,367 8,367 8,367 #successful extensions 19.5m 5.2m 5.2m 5.2m #extensions 1.0m 1.0m 1.0m 1,043,455 #sequences 129m 129m 129m 129m #hits to db 10 (PAM70) 10,000 (T=11) 1 (T=11) 10 (T=11) Expect Changing E, T matrix for blastp nr RBP 99 113 90 126 127 6,609 88 145 #HSPs gapped 15 35 59 22 51 85 16 38 64 16 38 64 16 (7.4 bits) 38 (14.6 bits) 64 (24.7 bits) X1, X2, X3 48 124 7,288 4.5m 907,000 112m 10 (T=11) 48 125 11,484 508m 907,000 112m 10 (T=5) 48 88 1,147 73,788 907,000 112m 10 (T=16) 60 110 9,088 30.2m 1.0m 386m 10 (BL45) 82 6,439 86 142 #sequences better than E 66 6,099 46 53 #HSPsE (no gapping) 13,873 8,367 8,367 8,367 #successful extensions 19.5m 5.2m 5.2m 5.2m #extensions 1.0m 1.0m 1.0m 1,043,455 #sequences 129m 129m 129m 129m #hits to db 10 (PAM70) 10,000 (T=11) 1 (T=11) 10 (T=11) Expect General concepts How to evaluate the significance of your results How to handle too many results How to handle too few results BLA
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