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有关计算机参与药物设计的综述 天津市汉沽医院药剂科 潘秋霞 【摘要】 利用计算机辅助药物设计正离我们越来越近。无需很久，包括癌症、关节炎、艾滋病在内的众多疾病相关药物将完全产生于计算机，以往所依靠的经验式重复筛选法将被抛弃。将设计工具和设计方法进行集成是提高效率最有效途径。表现在药物研发领域即是创意问题解决理论与计算机辅助药物设计之间的结合。专家称这使新药开发全速奔向一个新时代，而这一时代正是科学界期待已久的。 从1894年Emil?Fischer[1]提出药物作用的“锁钥原理”[2]开始，药物设计一直是药物研发人员的一个梦想。经过科学家多年的努力探索，特别是计算机和信息科学等学科的发展，计算机辅助药物设计方法[3]日趋成熟，技术日益丰富。通过与实验紧密结合，计算机辅助药物设计在药物研究中正发挥越来越重要的作用，已成为药物研究的核心技术之一。药物设计的梦想正在逐步实现[4]。【关键词】计算机 药物化学 药物设计 分析法 计算机辅助药物设计（computer?aided?drug?design）是以计算机化学为基础，通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系，设计和优化先导化合物的方法[5]。受体是指生物体的细胞膜上或细胞内的一种具有特异性功能的生物大分子，与内源性激素、递质或外源性药物结合后，发生一定的特定功能，如开启细胞膜上的离子通道，或激活特殊的酶，从而导致特定的生理变化。能与受体产生特异性结合的生物活性物质称为配体（ligand）。配体与受体结合能产生与激素或神经递质等相似的生理活性作用的称为激动剂；若与受体集合后阻碍了内源性物质与受体结合，从阻断了其产生生理作用的，则称为拮抗剂。计算机辅助药物设计实际上就是通过模拟和计算受体与配体的这种相互作用，进行先导化合物的优化与设计[6]。 计算机辅助药物设计根据受体的结构是否已知，分为直接药物设计和间接药物设计。 计算机辅助药物设计的方法始于1980年代早期。当今，随着人类基因组计划的完成、蛋白组学的迅猛发展，以及大量与人类疾病相关基因的发现，药物作用的靶标分子急剧增加；同时，在计算机技术推动下，计算机药物辅助设计在近几年取得了巨大的进展[7]。 计算机辅助药物设计的一般原理是，首先通过X－单晶衍射技等技术获得受体大分子结合部位的结构，并且采用分子模拟软件分析结合部位的结构性质，如静电场、疏水场、氢键作用位点分布等信息[8]。然后再运用数据库搜寻或者全新药物分子设计技术[9]，识别得到分子形状和理化性质与受体作用位点相匹配的分子，合成并测试这些?分子的生物活性，经过几轮循环，即可以发现新的先导化合物。因此，计算机辅助药物设计大致包括活性位点分析法、数据库搜寻、全新药物设计。1．活性位点分析法:该方法可以用来探测与生物大分子的活性位点较好地相互作用的原子或者基团。用于分析的探针可以是一些简单的分子或者碎片，例如水或者苯环，通过分析探针与活性位点的相互作用情况，最终可以找到这些分子或碎片在活性部位中的可能结合位置[12]。由活性位点分析得到的有关受体结合的信息对于全新药物的设计具有指导性。?目前，活性位点分析软件有DRID、GREEN、HSITE等。另外还有一些基于蒙特卡罗、模拟退火技术的软件如MCSS、HINT、BUCKETS等[10][11]。其中，GRID[13]由Goodford研究小组开发，其基本原理是将受体蛋白的活性部位划分为有规则的网格点，将探针分子（水分子或甲基等）放置在这些网格点?上，采用分子力场方法计算探针分子与受体活性部位各原子的相互作用能，这样便获得探针分子与受体活性部位相互作用的分布情况，从中可发现最佳作用位点[14]。?GRID最初运算的例子是用水分子作为探针分子，搜寻到了二氢叶酸还原酶（DHFR）活性部位中水的结合位点以及抑制剂的氢键作用位点。由此软件成功设计?的药物有抗A型感冒病毒药物4－胍基Neu5Ac2en（GG167，?RelenzaTM）。该化合物有很强的抗感冒病毒能力，克服了以往抗感冒病毒药物的耐药性缺陷，具有很好的市场前景。MCSS[15]是?Miranker和Karplus在CHARMM力场基础上发展而来，它的基本要点是在运用?CHARMM力场进行分子动力学模拟时，取消溶剂分子间的非键相互作用。这样，在分子动力学模拟时，溶剂在能量合适的区域叠合在一起，从而提高了搜寻溶剂?分子与受体分子结合区域的效率。小分子碎片（如水和苯分子）可当作溶剂分子，运用上述动力学方法搜寻出分子碎片与受体的结合区域，然后对每个碎片选择?100－1000个拷贝，在低能碎片结合域进行能量优化[16]。在最后的能量搜寻过程中，可以用随机取样或网格点的方法来实施。搜寻时每个碎片的各个拷贝可以