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ms模拟两分子碰撞流程

MS模拟两颗粒碰撞操作流程 步骤一:打开软件Materials Studio,新建一个文件 图1 在New Project的对话框中选择自己新建文件的工作路径和文件名称,点击OK,注意路径中不得含中文字符,一旦有中文字符会创建出错,如图2所示。假设将其命名为“example”,在左侧的工作栏内就会出现example,如图3。 图2 图3 步骤二:创建颗粒模型 2.1.导入分子结构(Al2O3) 点击File-import,会出现图4所示的对话框,双击Structure,在metal-oxides文件夹内选择Al2O3,双击Al2O3,或者选中后点击打开。结果如图5所示。 图4 图5 2.2.创建半径为20 球形的Al2O3颗粒模型 在菜单栏处,选择Build-Build nanostructure-Nanocluster,出现如图6所示的对话框,Shap处选Sphere,Radius处填20,其余项保持默认,点击Build,结果如图7所示。注意:要创建Al2O3颗粒,需要在Al2O3分子结构界面激活的状况下创建。 图6 图7 2.3采用步骤2.1和2.2的方法创建半径为5 的Pt颗粒。结果如图8所示。(1.File-import-Structure-metals-pure-metals-Pt 2.Build-Build nanostructure-Nanocluster Shape:Sphere ;Radius:5) 图8 视图显示的一些操作: 1.鼠标右键display style选择颗粒的显示类型,同时左下角有显示颗粒内原子的个数; 2.可以使用鼠标滚轮缩放图形; 3.按住鼠标中键可拖动颗粒模型; 4.按住鼠标右键可实现颗粒的旋转; 5.点击 可以回到原始视图; 6.点击 可以将颗粒视图还原到适合屏幕显示的大小。 2.4 创建两颗粒模型,即在Al2O3颗粒旁边放一个Pt。 2.4.1固定Al2O3颗粒。在Al2O3颗粒视图界面,Modify-Constraints,会出现如图9所示对话框,勾选Fix Cartesian position,关闭对话框。 图9 2.4.2 在Pt颗粒界面,双击选中所有颗粒(或使用鼠标左键),点击 copy按钮,或者使用鼠标右键copy,或者键盘Ctrl+C来复制Pt颗粒。打开Al2O3颗粒界面,Ctrl+V粘贴Pt至Al2O3颗粒界面,通过 将Pt移动到需要的适当的位置,结果如图10所示。 图10 步骤三.使用discover模块进行计算 3.1 参数设定 为discover工具栏,点其右侧的下拉菜单 setup出现如图11所示的对话框,可在Job Control选择运算需要的核数。 3.2 计算运行点击discover下拉菜单的dynamics,设置动力学计算参数,如图12所示,点击Run。 图11 图12 运行界面 图13 计算完成后弹的界面如图14所示,点击OK。 图14 步骤四.原子坐标导出 MS运行的包含原子运动轨迹的文件是后缀为xtd的文件,通过读取prel语言编程的文件导出xtd文件内每一帧的每个原子的坐标,并将坐标写入txt文档。操作如下: 4.1 将转换文件拷入xtd文件所在目录的文件夹,针对此例,即将xtd2txt.pl拷入G:\lhj\ms\example Files\Documents\Nanocluster Disco Dynamics如图15所示。 右图16为显示文件后缀的操作,工具-文件夹选项-查看-隐藏已知文件类型的扩展名不打勾。 图15 图16 4.2将pl文件拷入后从ms上读.pl文件 File-Import,会跳出Import document的对话框,在下面文件类型处选择.pl文件,打开xtd2txt.pl 文件。界面如图17所示。 图17 4.3针对模拟现状修改.pl文件 (1)第31行 my $doc = Documents{./Nanocluster.xtd}; Nanocluster.xtd改为自己要转换的.xtd文件的文件名。 (2)第41行 my $xmolFile=Documents-New(“SiO2trj 40A-10A 87373K.txt”);红色为将原子坐标写入的txt的文档的名称,可根据需要修改。 (3) 第49行my $framebegin=1; 第51行 #my $frameend=2; 如果要读取部分帧数,例如从第n帧到第m帧,就将49行的1改为n,51行中的2改为m,同时将51行的#去掉,即变为 第49行my $framebegin=n; 第51行 my $frameend=m; 这里语句前#表示不执行此语句。相当于C语言中的%。 4.

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