蛋白质序列分析实验.docVIP

蛋白质序列分析与结构预测 【实验目的】 1、掌握蛋白质序列检索的操作方法； 2、熟悉蛋白质基本性质分析； 3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、?结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测； 4、了解蛋白质结构预测。 【实验内容】 1、?使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素 adiponectin 蛋白质序列； 2、使用BioEdit软件对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析； 3、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析； 4、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析； 5、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。 【实验方法】 1、人脂联素蛋白质序列的检索： （1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址 /Entrez ； （2）在Search后的选择栏中选择protein； （3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin； （4）点击go后显示序列接受号及序列名称； （5）点击序列接受号NP_004788 adiponectin precursor; adipose most abundant gene transcript 1 [Homo sapiens] 后显示序列详细信息； （6）将序列转为FASTA格式保存 参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列 ； 2、使用BioEdit软件对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析： 打开BioEdit软件→将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列输入分析框→点击左侧序列说明框中的序列说明→点击sequence栏→选择protein→点击Amino Acid Composition→查看该蛋白质分子质量和氨基酸组成； 或者选择protein后，点击Kyte Doolittle Mean Hydrophobicity Profile→查看该蛋白质分子疏水性水平； 3、人脂联素蛋白质序列的蛋白质同源性分析： （1）进入NCBI/Blast网页； （2）选择Protein-protein BLAST blastp ； （3）将FASTA格式序列贴入输入栏； （4）点击BLAST； （5）查看与之同源的蛋白质； 4、人脂联素蛋白质序列的motif结构分析： （1）进入http://hits.isb-sib.ch/cgi-bin/PFSCAN网页； （2）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏； （3）点击Scan； （4）查看分析结果（注意Prosite Profile中的motif information）； 5、人脂联素蛋白质序列的二级结构预测： （1）进入下列蛋白结构预测服务器网址： http//www.embl-heidelberg.de/predictprotein//predictprotein.html The PredictProtein Server ； （2）在You can栏点击default； （3）填写email地址和序列名称； （4）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏点击Submit； （5）从email信箱查看分析结果； 6、人脂联素蛋白质序列的三维结构预测： （1）? http///swissmod/SWISS-MODEL.html （SwissModel First Approach Mode）网页； （2）填写email地址、姓名和序列名称； （3）将人脂联素蛋白质序列的FASTA格式序列贴入输入栏； （4）点击Send Request； （5）从email信箱查看分析结果（注：需下载软件入rasmol查看三维图象）。