L蛋白的研究.docVIP

L蛋白的研究 新城疫病毒的大聚合酶蛋白基因 新城疫病毒（NDV）的大聚合酶蛋白基因（Large polymerase protein gene，L），又称RNA依赖RNA聚合酶基因（RNA-dependent RNA polymerase gene，RdRP），下简称L基因，是NDV进行转录、复制所必须的关键基因之一，本文就其结构、功能和应用方面的研究作一综述。 1． 结构 1.1 L基因的核苷酸（nt）序列和阅读框。据GenBank收录，NDV基因组全长有15186nt、15192nt或15198nt三种，L基因占有基因组一半的5′端的大部分。L基因全长有6704nt（也有6761nt⑴）。由于三种基因组核苷酸长度不同，L基因的起讫序列号码才有差异8370‥15073，8376‥15079，8382‥15084。3′端非编码区（3′NCR）11nt，6615nt编码一个2204个氨基酸（aa）的阅读框，5′端NCR有78nt ⑵。关于L基因编码的阅读框，Yusoff等（1987）的研究报告称，除2204aa一个大阅读框以外，尚有一个开始于9-11 ATG密码子的小阅读框翻译得到50个氨基酸相当疏水的多肽，预测分子量5.9kDa ⑶，但其后未见有另外研究论文提及这个小读框。 1.2 L基因是NDV六个基因中最为保守的，这可从核苷酸的非同义替代率（Ka）对同义替 代率（Ks）的比例远低于M、P、HN可以看出。L基因的Ka/Ks=0.064，M基因的Ka/Ks=0.14，P基因的Ka/Ks=0.25，HN基因的Ka/Ks=0.1398 ⑵⑷。 1.3 L基因阅读框编码的L蛋白的氨基酸序列中，有6个保守的结构域(Ⅰ―Ⅵ)。 1.3.1 Poch等（1990）对水泡性口炎病毒、狂犬病毒、仙台病毒、NDV的BC株和麻疹病毒5种L蛋白预测的氨基酸序列作了分析比较，给出了功能结构域的理论排列⑸。 Wise等（2004）对16株的L基因蛋白进行了测序，连同另外5株的已知L基因蛋白序列，作了比对研究⑵。现把他们给出的6个保守结构域资料列于表1。 表1. L基因蛋白序列中的保守结构域 资料来源 Ⅰ Ⅱ Ⅲ Ⅳ Ⅴ Ⅵ aa数/起讫 aa数/起讫 aa数/起讫 aa数/起讫 aa数/起讫 aa数/起讫 Poch等(1990) 200/281- 105/578- 230/736- 176/1024- 253/1239- 78/1917- 401 682 965 1200 1491 1994 Wise等(2004) 190/223- 105/503- 221/634- 166/905- 248/1109- 78/1744- 412 607 854 1070 1356 1821 1.3.2在这6个结构域（下简称域）中，根据它们易变换的氨基酸数，可以计算出各自的保守性，详见表2。 表2. NDV的L基因蛋白结构域中易变换的aa数⑵ 结构域 Ⅰ Ⅱ Ⅲ Ⅳ Ⅴ Ⅵ 合计 易变换aa数 38 2 18 9 21 5 93 易变率% 20 1.9 8.1 5.4 8.5 6.4 6.4 保守性% 80 98.1 91.9 94.6 91.5 93.6 93.6 从表2可见，除Ⅰ域保守性仅80%外，其余的都在91.5%以上，尤以Ⅱ域高达98.1%。 1.3.3 各结构域中的保守片段和基序⑸。域Ⅰ，主要是由疏水残基构成，在其第3个片段里有一高度保守的三肽GHP（428-430位）。域Ⅱ，开始于618位的高度保守的片段，富含硷性氨基酸，构成一个有节奏间隔的[KEKE（疏水的）K]基序。域Ⅲ，长的带电荷的保守片段特别多量地分布其中，内含严格保守的五肽QGDNQ（855-859）（文献⑵推导749-753位）的上下游散布着保守的G残基。此外，域Ⅲ中还含有A、B、C、D4个保守的基序：A，FITTDLQX?YCLNW；B,IYIVSARGGIEG‥LCQKLWTMISIAAT；C,CMVQGDNQVL；D,KDGAILSQVLKNS。域Ⅳ