复杂多样、动态化的玉米B73系基因组.docVIP

复杂多样、动态变化的玉米B73系基因组 摘要：玉米是一种重要的粮食作物，同时也是生物学研究中的重要的模式植物之一。我们提出了一个改进的玉米基因组核苷酸序列草案，包含2.3亿个碱基对，预测了超过32，000个基因，有99.8%已定位于相关染色体上。该基因组中有接近85%是由非均匀分散于整个基因组中的几百个转座子家族，这些转座元件负责数以千计的基因碎片的复制，影响着着丝点的大小、组成和位置。我们分析了Mu转座子的插入与重组、拷因丢失与低甲基化区域之间的关联，以及该作物远古状态时染色体拷贝数从双二倍体减少至二倍体的过程中复制区差异基因丢失的关系。这些分析结果告知并为我们更进一步的调查研究阶段打下基础，以提高我们对于玉米驯化及作物改良的认识。 玉米(Zea mays ssp. mays L.)是由距今大约10,000的位于美洲中部的草类玉米驯化而来的，并被选育种植至今[1]。玉米作为一种重要的模式植物被用于以下基础性研究：基因的遗传与功能、基因与染色体的物理连锁、细胞学的交叉与重组的机械关联、核仁的起源、端粒的特性以及表观遗传沉默、印记与变换等等[2].同时，玉米又是最重要的粮食作物之一，单就美国而言，在大约8600万英亩的面积产量大概在258050.4亿立方英寸左右，价值约为470 亿美元（2008年数据 [3]）。在过去的一个世纪里，育种者将玉米产量提高了8倍[4]，杂种优势是部分杂交种可以将产量从相对于父母本自交系的15%提高到60%[5].，这虽然是一个极其普遍的生物现象，但人们又对它知之甚少。 玉米基因组已经过了好几轮的复制，其中包括约7000万年前的古多倍体祖先[6]和约5000万年到一亿两千万年前的额外全基因组重复事件[7,8]，这才使玉米得以跟它的近亲——高粱（Sorghum bicolor）区分开来[9]。玉米的十条染色体在结构上呈现多样性，并且染色质组成经历了动态的变化。在过去的300万年，由于长末端重复反转录转座子(LTR retrotransposons)的增殖，玉米基因组的规模急剧地扩大到2.3亿个碱基对[10]。 我们对基因组的测序是通过细菌人工染色体（BACs）(n=16,848)和源于整合的物理遗传图谱的fosmid 克隆(n=63)[11,12],同时运用光学图谱进行强度比较[13]。采用覆盖面积约为4-6倍的鸟枪法（shotgun），随后对一些独特区域进行了自动和人工的完善[14]，完成了第一版的B73参考基因组(B73 RefGen_v1)。 我们鉴定了B73参考基因组的全套转座子(TEs),包括活跃的Ⅱ类DNA转座子和许多Ⅰ类RNA转座子[15]. B73参考基因组中大约85%是由转座子组成的（见表2），事实上，不仅是TEs[16], CATCA转座子的第一个成员 Spm/En系统，以及Hat(Ac转座子)、PIF/Harbinger、Mutator超基因家族以及MITE家族最初都是在玉米中发现的[17]。另外，长末端重复反转录转座子(LTR retrotransposons)的存在以及其在植物中无可比拟的丰富性也是起初在玉米中发现的[18]。 B73参考基因组包含了占整个基因组大小8.6%的855个DNA转座子家族，其中大部分（约85%）已得到了鉴定（表S2）[14]。在这些超基因家族中最复杂的是Mutator超基因家族,它的序列成分和大小存在巨大的变异，其中包括携带226个核基因片段的262个包装的MULEs（包含基因片段的类似Mutator成分）。我们对Mu活性区域的40000个非冗余Mu插入位点进行了扩增、测序并对应绘制到B73参考基因组中(B73 RefGen_v1)。表明共定位于基因组中基因富集区的非均匀分布的Mu插入位点在减数分裂中的重组率最高/Mb（图1）[19]。正如Mu转座子，多数的玉米DNA转座子（CACTA 转座子除外）富集在基因丰富、具有重组活性的染色体末端。 Helitrons是采用滚环模式进行转位的一类DNA分子[20]，主要存在于植物、动物以及真菌，但在玉米中这类分子特别活跃，变异丰富而且数量极多[21]。玉米中包含有八个Helitrons家族，合并起来有大约20000个拷贝，在基因片段获取时非常活跃。在以前研究的植物或动物基因组中，Helitrons主要位于基因稀疏区，但是在玉米中却多数位于基因富集区(22,23)。在B73参考基因组中有大于75%的部分是由长末端重复反转录转座子(LTR retrotransposons)组成的，并且分散存在，在它们的406个基因家族中多数的拷贝数小于10个。长末端重复反转录转座子存在家族特异性，且在染色体上分布不均匀等特点，例如，类Copia因子（Copia-like elements）在基因丰富的常染色质区域过量存在，而类G