16srDNA经典材料.docVIP

Normally, we used following primers to amplify bacterial 16S rRNA genes 27F and 1492R pair and sequencing them using other primers . The primer sequencs are all listed in the reference: - Lane DJ 1991 16S/23S rRNA sequencing. In: Stackebrandt E, Goodfellow M eds Nucleic acid techniques in bacterial systematics. Wiley, Chichester, pp 115-17527F 5 AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG 3 PCR and sequencing, most eubacteria357F 5 CTC CTA CGG GAG GCA GCA G 3 Most eubacteria530F 5 GTG CCA GCM GCC GCG G 3 Most eubacteria and archaebacteria926F 5 AAA CTY AAA KGA ATT GAC GG 3 Most eubacteria and archaebacteria1114F 5 GCA ACG AGC GCA ACC C 3 Most eubacteria342R 5 CTG CTG CSY CCC GTA G 3 Most eubacteria519R 5 GWA TTA CCG CGG CKG CTG 3 Most eubacteria and archaebacteria 907R 5 CCG TCA ATT CMT TTR AGT TT 3 Most eubacteria and archaebacteria1100R 5 GGG TTG CGC TCG TTG 3 Most eubacteria1492R 5 TAC GGY TAC CTT GTT ACG ACT T 3 PCR and sequencing, most eubacteria 1525R 5 AAG GAG GTG WTC CAR CC 3 PCR and sequencing, most eubacteria M C:A, Y C:T. K G:T, R A:G, S G:C. W A:T; all 1:1Any primers reverse complement sequence is its revers prime. For example:519R 5 GWA TTA CCG CGG CKG CTG 3 then519F 3 CWT AAT GGC GCC GKC GAC 5Hope this would useful to you and answered your question. And hope this would useful to many other people. Good LUCK, guys! 以16S rRNA基因为靶基因设计或比较通用引物，用blast效果不太好。因为该基因含有很多高度保守区（9-10），且在很多细菌中都是多拷贝的，文献或设计的primers往往都能扩增出几乎所有的真细菌，因此，blast时会得到很多同源序列，尽管如此，还是有更多的序列或细菌被省略了。我设计或验证该UP时，是有目的地根据实验需要，从genebank中确定一些常见细菌的属，每个属选几个菌种，每个菌种选2-3个菌株，但一定要包括标准株（可参考文献），然后用MEGLINE进行序列，并与UP进行比较。设计完成后在拿UP与随意查的其他细菌进行比较验证。尽管需要分析的序列可能达近百个，可现在的计算机内存和速度，及宽带都很大，应该是很快的。细菌rRNA按沉降系数分为3种，分别为5S、16S和23S rRNA。16S rDNA是细菌染色体上编码16S rRNA相对应的DNA序列，存在于所有细菌染色体基因中，它的内部结构由保守区及可变区两部分组成。其分子内存在的可变区，显示出细菌不同分类等级水平上的特异性。16S rRNA 16S rDNA 寡核苷酸的序列分析 首先， 16S rRNA 普遍存在于原核生物（真核生物中其同源分子是 18S rRNA ）中。 rRNA 参与生物蛋白质的合成过程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物进化的漫长历程中保持不变，可看作为生物演变的时间钟。其次，在 16S rRNA 分子中，既含有高度保守的序列区域，又有中度保守和高度变化的序列区域，因而它