2016年电大 -生物信息复习题.docVIP

生 物 信 息 复 习 题 一，什么是生物信息学? 生物信息学是80年代末随着人类基因组计划启动,DNA数据猛增而逐渐兴 起的一门新 兴交叉学科，生物信息学是利用计算机对生命科学研究中的生物信息进行存储、检索和分析的一门科学。从研究内容看，基因组学、蛋白质结构模拟及药物设计是生物信息学的三个重要组成部分，并有机地结合在一起。 二,生物信息学的两个阶段 1，基因组时代－全基因组信息 人类全部23对染色体，3×109核苷酸，3－4万个人类基因。5%DNA编码蛋白，95% 为junk DNA。 （1）生物信息数据库建立及基因组信息传输网络的形成 （2）基因组序列的提取和分析 2，后基因组时代－功能基因组－蛋白质组 　功能基因表达和蛋白质调控 三，当前生物信息学主要研究目标，任务，内容 1，研究目标： （1）解读生物体中DNA的遗传信息，揭示基因组信息的复杂性和规律性 （2）揭示人体生理和病理的分子基础，为人类疾病的诊断、预防和治疗提供最合理而有效的方法和途径。 （2）认识生命的本质和起源 2，研究任务： 近期任务： （1）大规模基因组测序中的分子数据收集、管理、分析和挖掘 （2）新基因和新SNPS(单核苷酸多态性)的发现与鉴定 （3）完整基因组的比较研究 （4）大规模基因功能表达谱的分析 （5）生物大分子的结构模拟与药物设计　 （6）生物信息分析技术与方法研究 开发高性能的分析工具和实用软件 生物分子序列比较工具 基因识别工具 生物分子结构预测工具 基因表达数据分析工具 远期任务： 读懂人类基因组，发现人类遗传语言的根本规律，从而阐明若干生 物学中的重大自然哲学问题，像生命的起源与进化等。这一研究的关键和核心是了解非编码 区 　（1）非编码区信息结构分析 　（2）遗传密码起源和生物进化的研究 生物信息学中实质任务是：数据挖掘 （1）分类 Classifying （2）关联 Associating （3）建模与模拟 Modelling Simulating （4）预测与检验 Predicting Testing 3，研究内容： （1）、 生物分子数据的收集与管理 （2）、数据库搜索及序列比较 （3）、基因组序列分析 （4）、基因表达数据的分析与处理 （5）、蛋白质结构预测 四，存贮生物分子的数据库 基因组数据库，蛋白质序列数据库，蛋白质结构数据库 五，蛋白质结构 1，蛋白质的一级结构 　多肽链形成、主链的构象角肽键，肽，二肽，多肽。 　　氨基酸的侧链 2，蛋白质的二级结构　 1951年，Pauling提出了蛋白质的α-螺旋结构。 （1）周期性的二级结构 α螺旋、β折叠 （2）非周期性的二级结构 　连接规则二级结构间的区域统称为环区： β转角， β发夹和Ω环，无规卷曲。 （3）蛋白质超二级结构 　模体（motif), 3，蛋白质的三级结构　 1）结构域是蛋白质三级结构的基本结构单位和功能单位 2）蛋白质结构域和三级结构的分类 4，蛋白质的四级结构　 蛋白质往往由多条链构成，亚基，寡聚蛋白，多聚蛋白。 1）四级结构的组成 2）蛋白质空间构象和功能的关系 　 蛋白质的变构作用 蛋白质结构预测： 两种方法： （1）分子力学的能量极小化法，计算出蛋白质分子的天然空间结构。 （2）基于知识的预测方法：根据已有蛋白质空间结构和一级结构之间的关系，逐级从一级预测二级结构，再到三维模型，排除不合理模型，修正结构。 六，基因组重复序列有哪些 1，高度重复序列 重复数大于百万次，在人类基因组中占25% 1）正向重复(direct repeats)又叫顺向重复 　 5‘ GTGAGTGAccGTGA 3’ 2）反向重复(inverted repeats) a) 发夹结构(hairpin structure) 5‘ GTGAGccgcCTCAC 3’ 3’ CACTCcctcGAGTG 5’ 　　b）回文结构 (Palindromic sequence) 5‘ GTGAGCTCAC 3’ 3’ CACTCGAGTG 5’ 3）卫星DNA (satellite DNA) 　属于高度重复DNA序列，占人体基因组的10%。由2－70 bp,可变数串联重复序列（VNTR，variable number tandem repeats) 小卫星DNA（minisatellite):　6－12 bp串联重复序列 微卫星DNA（microsatellite):　2－6 bp串联重复序列 4）a-卫星DNA 为灵长类所独有， 5 ) 端粒DNA 　　在染色体上的定位，复制，末端保护以及控制细胞寿命等方面起重