PCR引物设计实验.docVIP

实验目的 学习引物设计软件PrimerPremier5的基本使用方法。 二、实验内容 1.从NCBI的数据库 查出HPV-16的E6 E7基因并存为plain text记事本格式。 2.下载并安装PrimerPremier5,导入Key,激活软件. 3.打开E6 E7基因序列,显示双链格式.翻译为蛋白序列.找出motif和酶切位点. 4.进行primer search,找出sense、antisense及pairs最合适的引物. 1.“Premier”软件启动界面如下： 2.进行引物设计时，点击“Premier”按钮，界面如下： 3.进一步点击search按钮，出现“search criteria”窗口，有多种参数可以调整。搜索目的（Seach For）有三种选项，PCR 引物（PCR Primers） ，测序引物（Sequencing Primers） ，杂交探针（Hybridization Probes） 。搜索类型 Search Type 可选择分别或同时查找上、下游引物（Sense/Anti-sense Primer，或 Both） ，或者成对查找（Pairs） ，或者分别以适合上、下游引物为主（Compatible with Sense/Anti-sense Primer） 。另外还可改变选择区域（Search Ranges） ， 引物长度 （Primer Length） ， 选择方式 （Search Mode） ， 参数选择 （Search Parameters） 等等。使用者可根据自己的需要设定各项参数。如果没有特殊要求，建议使用默认设置。然后按 ，随之出现的 Search Progress窗口中显示 Search Completed 时，再按 ，这时搜索结果以表格的形式出现，有三种显示方式，上游引物（Sense） ，下游引物 Anti-sense ，成对显示 Pairs 。默认显示为成对方式，并按优劣次序（Rating）排列，满分 为 100，即各指标基本都能达标（如下图） 。 生物信息学实验报告单 实验名称：实验三 Premier软件应用 引物设计 班级： 学号： 姓名： 实验日期：2010年10月21日 评分： 指导教师签字： 实验员：