petsc_manual.doc

ARGONNE NATIONAL LABORATORY 9700 South Cass Avenue Argonne, IL 60439 ANL-95/11-Revision 2.1.3 PETSc用户手册 Satish Balay, Kris Buschelman, William Gropp, Dinesh Kaushik, Matt Knepley, Lois Curfman Mclnnes, Barry Smith, Hong Zhang Mathematics and Computer Science Division /petsc May 31, 2002 中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心 谷同祥 王建 黄海 翻译、整理 摘 要 本手册描述PETSc在高性能计算机上数值求解偏微分方程及相关问题的使用方法。可移植可扩展科学计算工具箱(PETSc: Portable, Extensible Toolkit for Scientific Computation)是一套数据结构和程序，它为大规模应用代码在并行(和串行)计算机上实现提供构造模块。PETSc对所有消息传递通讯均使用MPI标准。 PETSc包含一套正在扩充的并行线性、非线性方程解法器和时间积分器，它们可能在用FORTRAN、C和C++编写的应用代码中被用到。PETSc提供并行应用代码中所需的许多机制，如并行矩阵和向量聚集程序。本程序库采用分级组织，使用户能利用对实际问题非常适合的抽象出的层次。由于使用了面向对象编程技术，PETSc为用户提供了巨大的灵活性。 PETSc是软件工具的一个复杂集合；因此，对某些用户来说，起初要学习的东西比简单子程序库的更多。特别地，对某些没有计算机科学背景知识和C或C++编程经验的人，要领会它的全部特征并使软件有效地运行需花大量的时间。然而，PETSc的设计及其所含算法能使许多应用代码有效地实现，这比你自己“摆弄它们”更简单。 对许多简单的(甚至相对复杂的)任务，诸如Matlab的包常是最好的工具；对可写出有效Matlab代码的问题类，PETSc并不想给予太多的关注。 不要期望PETSc像其它串行代码一样会提供一个“并行线性解法器”。当然，并非以前串行代码的所有部分都必须被并行化，但是，矩阵创建部分必须具有所期望的任何性能。不要期望串行地创建你的矩阵，然后“使用PETSc”并行求解线性方程组。 由于PETSc正在研发之中，用法和程序调用系列可能会有些小的变化，有关信息见web站点：/petsc. 涉及PETSc特征工作的出版物和网站列表可在/petsc /publications查到。我们欢迎对这些页面的任何附加。 获取PETSc的信息： On-line: 所有程序的菜单页，包括分类的例子用法：docs/index.html或http://www.mcs. /petsc/docs 分类的问题查寻：docs/troubleshooting.html 或/petsc/ doc/ 本手册中： 基本介绍，第9页 聚集向量，第29页，和矩阵，第43页 线性解法器，第53页 非线性解法器，第68页 时间步进(ODE)解法器，第88页 索引，第148页 致谢： 我们感谢PETSc的所有用户，感谢他们的许多建议、测试报告和鼓励。特别感谢Victor Eijkhout、David Keyes和Matthew Knepley，他们对PETSc的原代码、功能和文档给予了有价值的评论。 PETSc中的一些原代码和实用程序（或PETSc使用的软件）的完成者： Mark Adams：MPIBAIJ矩阵的可扩展性， Allison Baker：FGMRES代码， Tony Caola：SPARSEKIT2 ilutp()接口， Chad Carroll：Win32图形， Cameron Cooper：VecScatter程序部分， Victor Eijkhout：KSP型BICG，VecPipeline()和VecXXXBegin()/End()程序， Paulo Goldfeld：balancing Neumann-Neumann预条件子， Matt Hille, Matthew Knepley, Domenico Lahaye：导向John Ruge和Klaus Stueben的AMG的接口， Peter Mell：DA程序部分， Todd Munson：LUSOL(MINOS中稀疏解法器)接口； Adam Powell：PETSc的Debian包 Robert Scheichl：MINRES实现， Liyang Xu：导向PVODE的接口。 PETSc使用了来自如下软