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分子力学模拟力场比较
MM1 由Allinger’s group及其合作者贡献
1974(MM1)~1996(MM4)的力场发展
MM1(1974)(组成势6项)不包括静电相互作用
Vtot Vvdw+Vbnd+Vang+Vbnd/ang+Vtor+Vang/tor/ang
参数化原子2个 H,C SP3
势函数的具体表述
单位约数 力常数 是的几何平均: 是距离比值, ? H ? C
MM2(1997) (7项) 最大的贡献 引入静电项 28个参数化原子
MM3(9项) 引入2个交叉项 152参数化原子类型
指数项由MM1 –13.0 → MM2 –12.50 → MM3 –12.00 下降
由
MM4(最新力场)组分15项 除了MM3引入的参数,已增加了一些形成氢键的C@112 五员环中的C SP3 @113 伸缩项采用的6次方(MM3 4次方) 6倍项
与MM3函数形式相同,但原子类型和参数不同。
例如,附加到C SP3 的H为@5,到C SP2 的H为@112
@5H~@1c ? @5H~@2c ?
@112H~@2c ?
与MM2、MM3相同,都是利用模型,
Amber force field Assisted model building with energy refinement 由kollman研究组发展
基本上是模拟生物大分子的,如蛋白质核酸高分子,它使用联合原子,有40参数化原子类型
势有五个组分构成
18C 8N 4O
6H 2S 1P
势函数利用harmonic势,简单表示
联合原子参数使用
ex1 For 即 –CH2-CH2- ?2 (united atom) ? ?2 (all atom)
ex2 For 即 –CH2-CH2-CH2 (united atom)
(all atom)
┇ ex3 对 即 X-CH2-CH2-X
一般扭曲参数 (united atom) (all atom)
特定扭曲参数有二部分势
ex4 乙二醇 (联合原子)
ex5 非成键作用 与Allinger力场相似
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