分子力学模拟力场比较.docVIP

  1. 1、原创力文档(book118)网站文档一经付费(服务费),不意味着购买了该文档的版权,仅供个人/单位学习、研究之用,不得用于商业用途,未经授权,严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等,侵权必究。。
  2. 2、本站所有内容均由合作方或网友上传,本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺!文档内容仅供研究参考,付费前请自行鉴别。如您付费,意味着您自己接受本站规则且自行承担风险,本站不退款、不进行额外附加服务;查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档,您可以点击 这里二次下载
  3. 3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等,请点击“版权申诉”(推荐),也可以打举报电话:400-050-0827(电话支持时间:9:00-18:30)。
  4. 4、该文档为VIP文档,如果想要下载,成为VIP会员后,下载免费。
  5. 5、成为VIP后,下载本文档将扣除1次下载权益。下载后,不支持退款、换文档。如有疑问请联系我们
  6. 6、成为VIP后,您将拥有八大权益,权益包括:VIP文档下载权益、阅读免打扰、文档格式转换、高级专利检索、专属身份标志、高级客服、多端互通、版权登记。
  7. 7、VIP文档为合作方或网友上传,每下载1次, 网站将根据用户上传文档的质量评分、类型等,对文档贡献者给予高额补贴、流量扶持。如果你也想贡献VIP文档。上传文档
查看更多
分子力学模拟力场比较

MM1 由Allinger’s group及其合作者贡献 1974(MM1)~1996(MM4)的力场发展 MM1(1974)(组成势6项)不包括静电相互作用 Vtot Vvdw+Vbnd+Vang+Vbnd/ang+Vtor+Vang/tor/ang 参数化原子2个 H,C SP3 势函数的具体表述 单位约数 力常数 是的几何平均: 是距离比值, ? H ? C MM2(1997) (7项) 最大的贡献 引入静电项 28个参数化原子 MM3(9项) 引入2个交叉项 152参数化原子类型 指数项由MM1 –13.0 → MM2 –12.50 → MM3 –12.00 下降 由 MM4(最新力场)组分15项 除了MM3引入的参数,已增加了一些形成氢键的C@112 五员环中的C SP3 @113 伸缩项采用的6次方(MM3 4次方) 6倍项 与MM3函数形式相同,但原子类型和参数不同。 例如,附加到C SP3 的H为@5,到C SP2 的H为@112 @5H~@1c ? @5H~@2c ? @112H~@2c ? 与MM2、MM3相同,都是利用模型, Amber force field Assisted model building with energy refinement 由kollman研究组发展 基本上是模拟生物大分子的,如蛋白质核酸高分子,它使用联合原子,有40参数化原子类型 势有五个组分构成 18C 8N 4O 6H 2S 1P 势函数利用harmonic势,简单表示 联合原子参数使用 ex1 For 即 –CH2-CH2- ?2 (united atom) ? ?2 (all atom) ex2 For 即 –CH2-CH2-CH2 (united atom) (all atom) ┇ ex3 对 即 X-CH2-CH2-X 一般扭曲参数 (united atom) (all atom) 特定扭曲参数有二部分势 ex4 乙二醇 (联合原子) ex5 非成键作用 与Allinger力场相似

文档评论(0)

kakaxi + 关注
实名认证
文档贡献者

该用户很懒,什么也没介绍

1亿VIP精品文档

相关文档