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* * * * * * * * * * * * * 講義予定 第１回:　文字列マッチング?データ構造 第２回：　たたみ込みとハッシュに基づくマッチング 第３回：　近似文字列マッチング 第４回：　配列解析 第５回：　木構造の比較：順序木 第６回：　木構造の比較：無順序木 第７回：　文法圧縮 第８回：　RNA二次構造予測 第９回：　タンパク質立体構造の予測と比較 第１０回：　固定パラメータアルゴリズムと部分k木 第１１回：　グラフの比較と列挙 第１２回：　ニューラルネットワークの離散モデル 配列アラインメント ペアワイズ?アラインメント ２本の配列に対するアラインメント 大域アラインメント： 配列全体にわたるアラインメント 列ごとにスコアが定義され、各列のスコアの和が最大となる最適アラインメントを計算 入力配列 ACGT ATCCT アラインメント A C G T ー ー ー A T C C T A ー C G T A T C C T A C ー G T A T C C T … スコア －6 1 －1 スコアの定義 同じ文字： １ 違う文字： －１ ギャップ： －１ 動的計画法による最適アラインメントの計算 アラインメントの個数：指数関数のオーダー 動的計画法を用いれば O(mn) 時間 D[i,j] は始点(0,0)から(i,j)までの最適パスの長さ アラインメントの復元（トレースバ