暨南大学生物化练习题-有往年考题的答案.docVIP

生物化学练习题 1. 拉式构图内容拉氏构象图：Ramachandran根据蛋白质中非键合原子间的最小接触距离，确定了哪些成对二面角（Φ、Ψ）所规定的两个相邻肽单位的构象是允许的，哪些是不允许的，并且以Φ为横坐标，以Ψ为纵坐标，在坐标图上标出，该坐标图称拉氏构象图（The Ramachandran Diagram）。（Φ、Ψ）二面角（Φ、Ψ） ⑴ 实线封闭区域一般允许区，非键合原子间的距离大于一般允许距离区域内任何二面角确定的构象都是允许的，构象稳定。 虚线封闭区域是最大允许区，非键合原子间的距离介于最小允许距离和一般允许距离之间，立体化学允许，但构象不够稳定。 虚线外区域是不允许区，该区域内任何二面角确定的肽链构象，都是不允许的，此构象中非键合原子间距离小于最小允许距离，斥力大，构象极不稳定。 Gly的Φ、Ψ角允许范围很大。　　总之，由于原子基因之间不利的空间相互作用，肽链构象的范围是很有限的，对非Gly氨基酸残基一般允许区占全平面的7.7%，最大允许区占全平面22.5％。 答：蛋白质翻译后修饰在生命体中具有十分重要的作用 它使蛋白质的结构更为复杂, 功能更为完善, 调节更为精细, 作用更为专一磷酸化、糖基化和硫酸化还有许多其它的修饰对蛋白的功能是极为重要的，因为它们能决定蛋白的活性、稳定性、定位和循环3. 二硫键在肽链折叠蛋白质结构功能方面的作用A、 巯基的抗氧化作用——在谷胱甘肽（GSH）中，半胱氨酸残基形成的疏基能够维持细胞的正常代谢与保护细胞膜的完整性，并能结合亲电子基、重金属离子与氧自由基等有害物质，具有抗脂质过氧化作用，可直接使氧自由基还原或促进超氧化物歧化酶合成。另外，由于巯基具有抗氧化作用，现已证实GSH水平下降是诱导细胞发生凋亡的重要因素。 B、 巯基的亚硝基化反应：蛋白质巯基亚硝基化修饰——主要是指巯基与气体信号分子一氧化氮 NO 反应。蛋白质巯基被NO或其衍生物修饰可发挥NO的生物活性，且使NO更稳定。蛋白质的巯基亚硝基化修饰影响其在细胞内的活性和功能，如核转录因子 NF-κB 的一个亚基巯基亚硝基化能够影响其与DNA结合；蛋白质巯基亚硝基化修饰能够活化钙离子通道，天门冬氨酸受体 NMDAR 蛋白质巯基亚硝基化影响相关信号通路；蛋白质巯基亚硝基化调控Caspase酶活性，用Fas处理细胞，Caspase-3发生去亚硝基化后活化，诱导细胞凋亡。 C、 巯基-二硫键交换反应对细胞信号分子影响——人热休克转录因子1 heat shock transcription factor 1，HSF1 中半胱氨酸残基的氧化还原反应能够影响其被热激活状态并DNA结合。 4. 为什么会出现转角？转角为什么一般都出现在蛋白质表面？β-转角是种简单的非重复性结构。在β转角中第一个残基的C O与第四个残基的N-H氢键键合形成一个紧密的环,使β转角成为比较稳定的结构,多处在蛋白质分子的表面,在这里改变多肽链方向的阻力比较小。转角的特定构象在一定程度上取决与他的组成氨基酸,某些氨基酸如脯氨酸和甘氨酸经常存在其中甘氨酸）β-转角中能很好调整其他残基的空间阻碍,因此立体化学上最合适的氨基酸；脯氨酸）Φ角固定为-60°；该N原子连接的H原子已用于肽键的形成，且吡咯环又阻止其C O接近附近肽平面的NH，故难以形成α-螺旋因此在一定程度上迫使β转角形成,促使多台自身回折且这些回折有助于反平行β折叠片的形成。转角5. 肽链设计Design a sequence of polypeptide containing up to 25 amino acids which is likely to form a hairpin α-helical structure two antiparallel（反向平行） α-helices,with a β-turn in the center of the sequence. Show you proposed sequence using the one-letter code of amino acids, and explain the special features of your design .（设计一个多肽序列：包含25个氨基酸的发卡α-螺旋结构、两个反平行的α-螺旋和位于序列中间的β-转角结构。用氨基酸代码的形式写出你的序列，解释你设计的具体思路。）肽链的设计合成步骤： 1 、去保护： Fmoc 保护的柱子和单体必须用一种碱性溶剂（ piperidine ）去除氨基的保护基团。（如图 1 ） 2 、激活和交联：下一个氨基酸的羧基被一种激活剂所激活溶解，激活的单体与游离的氨基在交联剂的作用下交联，形成肽键。3 、循环：这两步反应反复循环直到整条肽链合成完毕。 4 、洗脱和脱保护：根据肽