生物信息学总论2014分解.ppt

生物信息学概论 武汉大学 生物医学工程系 赵旻 本章内容 学习目的 1、了解生物信息学的发展背景 2、理解生物信息学在生命科学研究中的作用 3、理解数学、计算机科学与生物信息学的关系 4、了解生物信息学主要技术方法的原理和应用 《医学生物信息学原理》教材参考资料目录 教材 1. 生物信息学（供8年制及7年制临床医学等专业用）李霞，李亦学，廖飞 人民卫生出版社 2012 2. 生物信息学—基础与临床医学应用指南 伍欣星 赵旻 主编 科学出版社 2005 参考书目 1. 基因组研究手册：基因组学、蛋白质组学、代谢组学、生物信息学、伦理和法律问题。 C.W.森森（Sensen.C.W.），谢东 著 科学出版社 2009 2. 理解生物信息学. M.泽瓦勒贝，JO.鲍姆 著 科学出版社 2012 3. 生物信息学 许忠能 清华大学出版社 2008 第一节 生物信息学基础 一、生物信息的特征 生命现象是不同层次上的物质、能量与信息的交换，不同层次是指核酸、蛋白质、细胞、器官、系统、机体，与医学研究密切相联 生物信息不仅包括基因组信息，如基因的DNA序列、染色体定位，也包括基因产物（蛋白质或RNA）的结构和功能；生物种间的进化关系等其他信息资源。 生物体系和生物过程中信息的内涵和信息的传递 生命与信息 DNA通过复制，在生物体的繁衍过程中传递遗传信息 DNA本身是否也具有酶活性呢？1994年，G·F·Joyce等人发现一个人工合成的DNA分子具有一种特殊的磷酸二酯酶活性。又有多例报道人工合成的DNA序列具有各种不同的酶活性。1995年后从多种生物中提取的DNA均具有酯酶活性，能催化乙酸萘酯水解为萘酚和乙酸。这种较弱的酯酶活性并不需要特定序列的DNA编码，而是非特异性DNA的一般性质。DNA分子本身的酯酶活性作为 “分子化石”遗迹。 (1)遗传信息的载体——DNA或RNA (3) DNA分子和蛋白质分子都含有进化信息 通过比较相似的蛋白质序列，如肌红蛋白和血红蛋白，可以发现由于基因复制而产生的分子进化证据。 通过比较来自于不同种属的同源蛋白质，即直系同源蛋白质，可以分析蛋白质甚至种属之间的系统发生关系，推测它们共同的祖先蛋白质。 进化信息 通过比较相似的蛋白质序列可以发现基因的分子进化证据。通过比较来自于不同种属的同源蛋白质，即直系同源蛋白质，可以分析种属之间的系统发生关系，推测它们共同的祖先蛋白质。 五、生物信息的特征 生物信息数据量庞大 生物信息复杂度高：遗传信息，功能结构信息 生物信息之间存在着密切的联系 存在特定载体：核酸分子和蛋白质分子 存在不同的层次：分子，细胞，组织器官和机体 第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。 改变生物学的研究方式 改变传统研究方式，引进现代信息学方法 在医学上的重要意义 为疾病的诊断和治疗提供依据 为设计新药提供依据 第二节 生物信息学的建立和发展 ——人类基因组计划简介 生物信息学产生的背景 海量生物信息需要分析；大量未知基因需要破解其功能 GenBank中的DNA碱基数目呈指数增加。2000年后其数目已达110亿，它们来自47000种生物；UniGene的数目约达7万个。 1999年初单核苷酸多态性（SNP）数据库出现以来，已超过600万。 自全长1.8Mb的嗜血流感杆菌基因组序列于1995年发表以来，已有54个模型生物的完整基因组完成了测序，包括9个古细菌、31个原核真细菌、14个真核生物的完整基因组或它们的完整染色体，其中包括酿酒酵母和线虫。还有另外的70余个微生物基因组正在测试当中。 生物信息学的发展历程 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端 20世纪70年代到80年代初期 ，出现了一系列著名的序列比较方法和生物信息分析方法 20世纪80年代以后，出现一批生物信息服务机构和生物信息数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展 生物信息学的发展历程 1952年，Sanger根据胰岛素蛋白质的测序结果，推断蛋白质是排列完美的分子。最早的信息论观点。 1955年，Sanger与合作者分别对牛、猪和羊的胰岛素蛋白质进行了测序并做了序列上的比较。最早的序列比对。 1962年，鲍林提出分子进化的理论，推测在人中可能存在50,000~100,000个不同的基因/蛋白质。分子进化理论的