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全基因组重亚硫酸盐测序和简化代表性重亚硫酸盐测序分析流程
#流程大放送#WGBS和RRBS测序分析流程
介绍
WGBS全称Whole Genome Bisulfite Seuqneicng，即全基因组重亚硫酸盐测序。该方法通过Bisulfite处理，将原基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U的同时，保留所有甲基化C的碱基不发生转变，从而帮助科研人员识别发生甲基化的CpG位点。该种测序技术适用于绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。
RRBS全称Reduced Representation Bisulfite Sequencing，即简化代表性重亚硫酸盐测序。该方法在Bisulfite处理前，使用MspI（该酶的酶切位点为CCGG）酶切对样本进行处理，去除低CG含量DNA片段，从而使用较小的数据量富集到尽可能多的包含CpG位点的DNA片段。
相比于WGBS技术，RRBS是一种准确、高效且经济的DNA甲基化研究方法，通过酶切，并进行Bisulfite测序，该方法在保证DNA甲基化状态检测的高分辨率的同时提升测序数据的高利用率。
该项技术可用于以下研究
1、处于特定时期或特定处理条件下的样本中，研究样本中染色体高精度DNA甲基化模式；
2、比较不同细胞、组织、样本间的高精度DNA甲基化修饰模式的差异；
3、疾病样本中，与疾病发生发展相关的高精度DNA甲基化表观遗传机理研究和相关高精度DNA甲基化位点分子标志的探索性研究。
数据处理和分析流程图
分析结果示例图片展示
示例图1 样本中各区域DNA甲基化水平信息统计和样本间差异DNA甲基化分析结果展示 ADDIN NE.Ref.{8AD8537F-4B5D-4885-A5B5-66EFD0F479C3}[1]
示例图2 差异DNA甲基化区域内转录因子基序识别 ADDIN NE.Ref.{A1DF085B-6F63-4AD2-A157-A793D9B78519}[1]
示例图3 DNA甲基化水平变化与基因表达水平变化的关联性分析 ADDIN NE.Ref.{29FE2017-AFAF-4FF4-BD14-007EAAEFF9D2}[1]
示例图来源文献 ADDIN NE.Bib
[1]. Ng, C.W., et al., Extensive changes in DNA methylation are associated with expression of mutant huntingtin. Proc Natl Acad Sci U S A, 2013. 110(6): p. 2354-9.
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