基因组科学与技术东南大学.docVIP

genetics是遗传，重点在于基因与性状的关系，侧重于基因功能的认识。 而组学是一种思路，一种技术，这体现在基因功能的研究上，目前的分子生物学研究单个基因，而组学通过全基因组的研究来认识基因行为和功能。这可理解为钓鱼和网鱼的区别 我讲的这部分的逻辑是：基因组学关心的问题是什么？用什么技术来研究这个问题？这个技术得到的数据，如何分析？我们的重点是分析思路和主要步骤 话说重点：1. 课堂上出的题目，2.每一讲的主要结构（基因组注释流程、基因表达数据分析方法） 目前是这样考虑的，出一些选择题，主要是关于基因组学理论的，出一些名词解释，例如N50等，出几个问答题，讲讲对某一类数据或者具体问题的分析流程（一般要求包括分析目的、分析主要步骤、每一步的分析思路和工具举例） GO：gene ontology, 基因本体，我的理解，是一组具有相互关系的标准术语（词汇）集，用于基因产物的功能注释。GO术语分3类，分别是细胞功能cellular function, 生物学过程biological process, 和细胞组分（cellular component），每一类中的词汇之间形成有向无循环图，关系有父子（is-a）或者组成（part-of）。每个基因产物可用多个GO术语注释，每个GO术语可以注释多个基因产物。 是分子功能，GO属于分为MF，BP, CC三类 一般我们在使用GO时有2个东西，一个是GO术语表，另一个是某物种的基因的注释表，前者是术语的定义和关系图（DAG），后者是每一个基因产物的GO注释结果。 这2个表是经常更新的 three structured, controlled vocabularies ontologies that describe gene products in terms of their associated biological processes, cellular components and molecular functions in a species-independent manner. 有一个GO项目，/，这是一个国际联合项目，主要有3个工作，一是GO术语的发展和维护，二是对于各个物种中基因产物的注释（这个是需要专业知识的，目前是不完整，甚至有错误，在注释时需要标注证据来源），三是开发工具便于术语的建立、维护和使用。 The Experimental Evidence codes are: Inferred from Experiment EXP Inferred from Direct Assay IDA Inferred from Physical Interaction IPI Inferred from Mutant Phenotype IMP Inferred from Genetic Interaction IGI Inferred from Expression Pattern IEP The Computational Analysis evidence codes are: Inferred from Sequence or structural Similarity ISS Inferred from Sequence Orthology ISO Inferred from Sequence Alignment ISA Inferred from Sequence Model ISM Inferred from Genomic Context IGC Inferred from Biological aspect of Ancestor IBA Inferred from Biological aspect of Descendant IBD Inferred from Key Residues IKR Inferred from Rapid Divergence IRD Inferred from Reviewed Computational Analysis RCA 上述说明了基因产物是如何用GO术语注释的过程，需要证据，证据来源很多 以往在基因组中是专门有一讲要讲到GO注释的 使用： 1。 Search GO data，输入一个GO术语或者基因产物的名称，你可以得到很多关于它们的信息 2. Enrichment analysis beta 这就是富集分析，基因表达数据分析的结果是一组基因名称，输入这些基因名称，就能进行GO分析，得到这些基因与哪些GO有关（有统计学意义）。这样的工具很多，有在线的，有单机版的。 /link?url _1akNE3lauOTExVqjo8vB-J--lAN-u1