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《计算机分子模拟》文献综述 浅谈计算机分子模拟技术 专业班级： 应用化学1301班 姓名： 张盼 学号： 1303030126 任课教师： 赵联明 开课时间：2015-2016学年 第 2 学期 成 绩 教师签名 浅谈计算机分子模拟技术 摘 要： 计算机分子模拟技术的发展至今已有半个世纪的 历史，现被广泛应用于解决各种复杂化学和生物学问题，比 如药物设计口材料设计。从分子水平来研究化工过程及产品的开发和设计,无疑是21 世纪化学工程的一个重要方向【1】。2013年诺贝尔化学奖授予给卡普 拉斯、莱维特和瓦谢尔三位美国科学家以表彰他们在发展多 尺度模型研究复杂化学体系上的贡献。这次授奖表明对于 今天的化学家来说计算机分子模拟已和试管实验同等重要，理论和实践要密切合作才能解决复杂问题。 关键词：计算机,分子模拟,应用 前言：分子模拟是80年代初兴起的一种计算机辅助实验技术，它利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子的结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理化学性质。分子模拟不仅可以模拟分子的静态结构，也可以模拟分子体系的动态行为 (如氢键的缔合与解缔、吸附、扩散等)。 分子力学(Molecular Mechanics)模拟基本原理:该方法通过对实验结果或者高级计算(密度泛函，从头算等)结果进行拟合得到的参数，以及牛顿经典力学对分子体系进行考察。分子力场主要通过分子内部的化学健以及分子间的非键作用来描述。分子的键长键角调节分子的构象。通过分子力学进行几何优化就是通过调整分子的几何形状，使得其健长值和键角值尽可能接近标准值，同时调整分子间距离，使非键相互作用处于最小的状态。体系的几何优化过程就是改变原子坐标对能量函数求极小化的过程。这些键长、键角、二面角以及相应的力常数就称为力场。不同的力场对能量函数形式和相应的键长、键角等参数有不同的定义。因而能准确描述研究体系的力场是分子力学进行精确计算的前提。有关系统介绍分子模拟的专著见文献,近期国内外有关评述性文章见文献【2】。 1.分子模拟的相关概念 1.1 分子模拟的定义 分子模拟，是指利用理论方法与计算技术，模拟或仿真 HYPERLINK /doc/7785406-8059501.html \t /doc/_blank 分子运动的微观行为，广泛的应用于计算化学，计算生物学， HYPERLINK /doc/5765208-5977976.html \t /doc/_blank 材料科学领域，小至单个 HYPERLINK /doc/6550147-6763894.html \t /doc/_blank 化学分子，大至复杂生物体系或材料体系都可以是它用来研究的对象。 1.2 分子模拟的优势 利用适当的简化条件，将原子间的作用等效为质点系的运动，从而避免了求解繁琐的量子力学方程。原子的运动遵从牛顿第二定律，质点系整体遵从哈密顿原理。与之对应，完全从量子力学出发进行的原子计算称为”第一性原理(ab into)计算“。第一性原理计算虽然精度高，但是计算复杂，难以实现大规模的模拟。而分子模拟则在保证精度的同时，大大扩展了原子的计算机模拟的使用范围。第一性原理计算通常不过几十、几百个原子，而分子模拟甚至可以实现百万甚至千万个原子的运算。 1.3 分子模拟的分类 分子模拟的工作可分为两类：预测型和解释型。 预测型工作是对材料进行性能预测、对过程进行优化筛选，进而为实验提供可行性方案设计。 解释型工作即通过模拟解释现象、建立理论、探讨机理，从而为实验奠定理论基础。 计算机分子模拟基本原理 2.1 从头计算法：在 HYPERLINK /view/3881.htm \t /view/_blank 量子化学 HYPERLINK /view/280138.htm \t /view/_blank 计算中指基于量子力学基本原理直接求解 HYPERLINK /view/551078.htm \t /view/_blank 薛定谔方程的量子化学计算方法。从头计算法的特点是没有经验参数，并且对体系不作过多的简化。对各种不同的化学体系采用基本相同的方法进行计算。目前的从头计算法包括基于 HYPERLINK /view/6790319.htm \t /view/_blank 哈特里－福克方程的哈特里–福克方法、在哈特里–福克基础上引入电子相关作用校正而发展起来的后哈特里–福克方法，以及多组态多参考态方法等。与半经验方法相比，从头计算法精度高，但耗时长。 2.2 密度泛函：密度泛函理论(Density Functional Theory，DFT)，是基于量子力学和玻恩-奥本海默绝热近