过渡态算例重点.doc

QST2法寻找反应的过渡态 25 Nov QST2法需要输入分子的起始结构和产物结构，两个分子的原子序号要求一致，否则不能运算。下面以H3CO和H2COH的制作说明之。 先在Gview中制作H3CO，保存为H3CO.gjf；再制作H2COH，保存为H2COH.gjf。分别用Edit–Atom List…打开两个制作的分子模型，Tag那一列就是原子的序号，比较两个分子，发现4和5代表的原子在H2COH中颠倒了，若直接用这样的结构，提交的时候，会给出“Invalid QST2 job! Atom list ordering must be the same for all input geometries! ”错误。这时，点击Tag列中的4和5，分别改成5和4，然后把这一列按序号重新排一下（Rows–Sort Selected），保存。 用ultraedit打开两个分子，就可以看到所有原子的坐标（默认是Cartesian坐标，在Gview中保存的时候，去掉左下角的Write Cartesians的对勾，就可以保存在Z-matrix坐标），拷贝到高斯输入文件中即可。制作好的输入文件如下： ============================================== #T UHF/6-31G(d) opt=QST2 Test H3CO–H2COH Reactions 0,2 C 000H 001H 10-0H -0-0-0O -01-0H3CO–H2COH Products 0,2 C 0.0000000 0.0000000 0.0000000 H 0.0000000 0.0000000 1.0700000 H 0.9277049 0.0000000 -0.5331638 H -1.3684675 0.9048960 -0.7874965 O -1.0873056 0.0000000 -0.6335117 ============================================== 反应物 过渡态 产物 用Gaussian研究过度态（ Exploring Chemistry with Electronic Structure Method===================================================输入输出文件介绍---------------------------------------------------输入文件#T RHF/6-31G(d) TestMy first Gaussian job：water single point energy0 1O -0.464 0.177 0.0H -0.464 1.137 0.0H 0.441 -0.143 0.0第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,#P表示打印更多的信息.后面的RHF 表示限制性Hartree-Fock 方法,这里要输入计算所选用的理论方法.6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道.Test 是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处.第三行是对于这个工作的描述,写什么都行,自己看懂就是了.第二行是空行,这个空行以及第四行的空行都是必须的.第五行的两个数字,分别是分子电荷和自旋多重度.第六行以后是对于分子几何构性的描述.这个例子采用的是迪卡尔坐标.分子结构输入完成后要有一个空行.输出文件输出文件一般很长,对于上面的输入文件,其输出文件中,首先是版权说明,然后是作者,Pople 的名字在最后一个.然后是Gaussian读入输入文件的说明,再将输入的分子坐标转换为标准内坐标,这些东西都不用去管.当然,验证自己的分子构性对不对就要看这个地方.关键的是有SCF Done 的一行,后面的能量可是重要的,单位是原子单位,Hartree, 1Hartree= 4.3597482E-18 Joules 或 =2625.500 kJ/mol=27.2116 eV;再后面是布居分析,有分子轨道情况,各个轨道的本征值(能量),各个原子的电荷,偶极距.然后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用\分开,所要的东西基本在里面了.然后是一句格言,随机有Gaussian 程序从它的格言库里选出的(在l99