实验六蛋白质结构与预测预案.pptVIP

复旦大学 实验六：蛋白质结构分析与预测 杜 娟 dujuannx@126.com 基因与蛋白质组学数据分析 实验项目六：蛋白质结构分析与预测 一、 实验目的和要求： 掌握蛋白质二级、三维结构预测服务器的使用和结果分析； 掌握常用大分子空间结构显示软件的使用方法； * * 实验内容1 蛋白质二级结构预测 以人基质金属蛋白酶MMP14 Matrix metalloproteinase 序列为例，介绍SOPMA的二级结构预测方法。 人基质金属蛋白酶MMP14 Matrix metalloproteinase, MMP14 氨基酸序列的fasta形式可从NCBI的蛋白质数据库获得 gi|座机电话号码|ref|NP_004986.1|matrix metalloproteinase 14 preproprotein [Homo sapiens] 。 * SOPMA二级结构预测方法 （1） 进入SOPMA主页 http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page /NPSA/npsa_sopma.html ； （2） 在“Paste a protein sequence below”下的空白处提交蛋白序列（原始序列），可以在参数中进行符合我们要求的设置，然后点击“SUBMIT”按钮进行分析； * 人民卫生出版社8年制及7年制临床医学等专业用《生物信息学》 （3） 查看结果，主要含有alpha helix Hh ?-螺旋，Extended strand Ee 延伸链，Beta turn Tt ?-转角，Random coil Cc 无规卷曲。其中Hh有150个氨基酸，占25.77%；Ee有110个氨基酸，占18.90%；Tt有52个氨基酸，占8.93%；Cc有270个氨基酸，占46.39%。Hh、Cc和Ee贯穿于整个氨基酸链，Tt主要分布在氨基酸链的第300个氨基酸之后。 * SOMPA预测结果 * 第一步：进入SWISS-MODEL三级结构预测服务器主页 实验内容2 以人MMP14序列为实例 应用SWISS-MODEL服务器自动模式 第二步：选择“Start Modeling”→ 粘入MMP14蛋白质序列；在这里可以填写E-mail地址，将结果发送至电子邮箱，也可以在新的网页上直接展示； * MSPAPRPPRCLLLPLLTLGTALASLGSAQSSSFSPEAWLQQYGYLPPGDLRTHTQRSPQSLSAAIAAMQKFYGLQVTGKADADTMKAMRRPRCGVPDKFGAEIKANVRRKRYAIQGLKWQHNEITFCIQNYTPKVGEYATYEAIRKAFRVWESATPLRFREVPYAYIREGHEKQADIMIFFAEGFHGDSTPFDGEGGFLAHAYFPGPNIGGDTHFDSAEPWTVRNEDLNGNDIFLVAVHELGHALGLEHSSDPSAIMAPFYQWMDTENFVLPDDDRRGIQQLYGGESGFPTK 粘贴protein.txt中 一条蛋白质序列 MMP 输入用户Email（选填） dujuannx@126.com * * 选择1slm作为模板 * * 模板的PDB代码 下载建好的结构模型 查看模板信息 查看双序列比对结果 * * * 与模板序列比对结果，并显示二级结构区域 * 1. 对于以下蛋白质序列，这是来自于什么物种的什么蛋白？用SOPMA方法预测这个蛋白的二级结构，将预测结果第一部分整理到实验报告里； 第36位是什么氨基酸？处于什么二级结构？第186-192区间的氨基酸处于什么二级结构？ 2. 用Swiss model 预测其三级结构，利用Pymol观察所得三级结构，写出所用的模版蛋白PDB代码，将二者双序列比对的结果整理到实验报告里。 MGNTLLEALNVRVVGNGERVLVLAHGFGTDQSAWQRILPYFLPHFRIILYDLVCAGSVNPDYFDFRRYTTLDAFVDDLLNILDALGVDRCAYVGHSVSAMIGILASIRRPELFTKLVLIGASPRFLNDHDYHGGFEEGEIEKVFSAMEANYDAWVHGFAPLSVGADVPAAVREFSRTLFNMRPDITLFVSRTIFNSDLRGVLGLVKVPCCIIQTAKDVSVPTSVALYLKNHLGGRNTVEMLNVEGHLPHLSAPMLLAPVLRRALSR 3. 利用pymol观察并做出所得到三维结构的图，蛋白用cartoon显示，这个蛋白包含多少个螺旋和折叠？图片整理到实验报告中。将SOPMA的预测的结果和Swiss model预测的结果进行对比，两者结论是否相同？ 作