Modeller教程-Advance.docVIP

Advanced example: 模拟的一个重要目的就是要有助于理解这个模型蛋白的功能作用。1bdm:A模板结构（在基础modeling教程建立的）显示环93到100处是混乱的，且在PDB结构中没有出现，这个区域是酶最重要的功能区域之一。最可能的是活性位点处的长环在没有配基的时候是易弯曲的并且不能再衍射图中观察到。模板位置坐标的不可靠和MODELLER不能够模拟长的插入片段致使TvLDH中的环模建的很差，就像DOPE得分曲线显示的那样。 由于我们对理解两个相似蛋白的特异性上不同很感兴趣，所以我们需要精确的模型。因此，我们需要找到新的策略来增加模型的精确性。在这个例子中，我们将探索三个不同的方法： 使用多模板 用ab-initio方法模拟环 用一个已知的束缚于结合位点的配基来模拟 Multiple templates 苹果酸脱氢酶1bdm的结构已经被集合到DBAli database?中的家族?fm00495中，有4个成员（2mdh:A, 2mdh:B. 1b8p:A and?1bdm:A）。在MODELLER中用salign()命令创建的多比对被用在DBAli?中创建家族的多结构比对。这个比对可以从DBAli数据库中下载，或者你可以用`salign.py文件在你的电脑上计算。 用append_model命令从PDB文件中阅读所有的序列，接着用多次salign命令建立最初的