Genome-Wide Association Study in Esophageal Cancer Using GeneChip Mapping 10K Array.pptVIP

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2016-11-06 发布于河南
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Genome-Wide Association Study in Esophageal Cancer Using GeneChip Mapping 10K Array.ppt

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Genome-Wide Association Study in Esophageal Cancer Using GeneChip Mapping 10K Array

Abstract Introduction Materials and Methods Results and Discussion Abstract 找 Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) 病患的可能遺傳基因。分別 correct 50 病患與 50 正常人的 DNA. 分析每個DNA中 10,000 SNP 的序列。比較病患與正常人的這10,000 SNP -- 找到 37 個特別的 SNPs 37 個特別的 SNPs 與已知的 cancers 相關的基因有關。 Abstract Introduction Materials and Methods Results and Discussion Introduction ESCC is one of the most common malignancies in the Chinese (Shanxi Province) 目前已經知道 susceptibility biomarkers involved in ESCC。但是............... Association studies with 10,000 SNP - 遺傳基因 Esophageal squamous cell carcinoma (ESCC) 鳞状细胞癌：占食管癌的90%以上发生于食管鳞状上皮以食管中段为最多，其次为下段。食道鳞状细胞癌(ESCC) The foundation of genetics Mendels laws 1. Law of unit characters Paired alleles control the inheritance of traits Homozygous vs Heterozygous Odds Ratio (OR) Examples: Alzheimer’s Alzheimer’s disease and ApoE Abstract Introduction Materials and Methods Results and Discussion Patients and Controls 人體試驗委員會同意 (IRB)。 50 patients (males) 25 with a positive family history of ESCC 25 without a family history of ESCC 50 Controls (males) Age-, sex-, and ancestral home for all controls was in Shanxi Province. Biological Specimen Collection and Processing collect Patients and Control 血液檢體 (10 mL) 。血液檢體-- extract Genomic DNA。 Affymetrix 10K Chip analysis with 500 ng DNA。統計分析 (Association studies) GeneChip Mapping 10K Array major benefits Requires only 250 ng of genomic DNA per sample Easy-to-use (within 2 days) Get 10,000 SNPs genotyping Affymetrix GA2500 Genechip System GeneChip? Mapping Assay Overview(2) Patients and Controls Information ‘‘Signal Detection Rate’’ is the percentage of SNPs that pass the discrimination filter. ‘‘Call Rate’’ is the percentage of SNPs called on the array. Principal ComponentsAnalysis (PCA) Abstract Introduction Materials and Methods Results and Discussion The foundation of genetics Mendels laws (cont.) 2. Law of dominance (cont.) Dominant,顯性 (AA, Aa) vs Recessive,隱性 (aa) Questions