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程序设计及应用 ——遗传算法在基因识别中的应用 小组： 姓名： 学号： 学院：信息工程与自动化学院 班级： 指导教师: 昆明理工大学 2014年7月  目 录 第一章 程序概述……………………………………………1 一、java …………………………………………………………1 二、运行环境 ………………………………………………………1 1．硬件环境 2．软件环境 第二章 遗传算法 ……………………………………………3 一、遗传算法方程 ………………………………………………3 二、程序流程图 …………………………………………………4 第三章 基因识别 ……………………………………………5 一、基因及基因识别 ……………………………………………5 1.基因 2.基因识别 二、常用算法及程序 ……………………………………………5 三、程序代码 ……………………………………………………6 四、运行结果 ……………………………………………………8 五、分析 …………………………………………………………9 1.程序分析 ……………………………………………………9 2.结果分析……………………………………………………11 3.心得体会……………………………………………………11第一章、程序概述 一、Java Java是一种程序设计语言，由Sun Microsystem公司于1995年推出；早在1991年，Sun公司的开始开发名为Oak的程序设计语言，希望用来控制嵌入在有线电视机顶盒和PDA等设备中的微处理器；1994年，Oak语言正式更名为Java； Java 技术具有卓越的通用性、高效性、平台移植性和安全性，广泛应用于个人PC、数据中心、游戏控制台、科学超级计算机、移动电话和互联网，同时拥有全球最大的开发者专业社群。Java是功能完善的通用程序设计语言，可以用来开发可靠的、要求严格的应用程序。Sun 公司对 Java 编程语言的解释是：Java?编程语言是个简单、面向对象、分布式、解释性、健壮、安全与系统无关、可移植、高性能、多线程和动态的语言。Java由四方面组成：Java编程语言Java文件格式Java虚拟机(JVM)Java应用程序接口(Java API) 开发java程序的步骤 （1）创建Java源程序 Java源程序使用任何文本编辑器创建与编辑，用.java作为扩展名，其实就是一个使用Java语言编写的文本文件； （2）编译源程序 Java编译器读取Java源程序并翻译成Java虚拟机能够明白的指令集合，并以字节码的形式保存在文件中，通常，字节码文件以.class作为扩展名； （3）运行class（字节码）文件 Java解释器读取字节码文件，取出指令并翻译成计算机能够执行的机器代码，完成运行过程。 二、运行环境 1．硬件环境 处理器：Intel?Core(TM)i5， CPU：1.80GHz，Java 语言的软件开发工具包?Java 语言的软件开发工具包运行J程序基于Javaclipse. eclipse是Java的集成开发环境。eclipse 是一个开放源代码的、基于Java的可扩展开发平台。就其本身而言，它只是一个框架和一组服务，用于通过插件组件构建开发环境。幸运的是，clipse 附带了一个标准的插件集，包括Java开发工具。尽管 Eclipse 是使用Java语言开发的，但它的用途并不限于 Java 语言；例如，支持诸如C/C++、COBOL、PHP等编程语言的插件已经可用，或预计将会推出。Eclipse 框架还可用来作为与软件开发无关的其他应用程序类型的基础，比如内容管理系统。 模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型，是一种通过模拟自然进化过程搜索最优解的方法J. Holland教授于1975年在他的专著《自然界和人工系统的适应性》中首先提出的，它是一类借鉴生物界自然选择和自然遗传机制的随机化搜索算法 。随着著作的出版，GA这个名称才逐渐为人所知，J.Holland教授所提出的GA通常为简单遗传算法（SGA）。SGA中选择算子采用轮盘赌选择方法。 其中轮盘赌选择又称为比例选择算子，实现步骤如下 （1） 计算群体中所有个体的适应度函数值（需要解码）； （2） 利用比例选择算子的公式，计算每个个体被选中遗传到下一代群体的概率； （3） 采用模拟赌盘操作（即生成0到1之间的随机数与每个个体遗传到下一代群体的概率进行匹配）来确定各个个体是否遗传到下一代群体中。 轮盘赌选择的基本思想是：各个个体被