基于贪心算法与短路径的基因组组装最优拼接问题---1411.docVIP

基于贪心算法与最小路径的基因组组装优化问题 摘要 随着人类基因组计划的实施和,通过对比多条任意切割后相似的基因组从而找出个别碱基对存在的识别错误。而对于基因组中存在的重复片段可以通过两个read之间的DNA片段的长度满足一定的分布规律即pared end read来解决。 接下来对比任意两个和是否相等，通过MATLAB软件建立nm阶的关联矩阵，最后利用图论中的最短路径方法使更多的基因组能拼接在一起，尽可能使拼接出来的基因组在原基因组的覆盖率达到最大。 针对问题二，先把附件给出的数据提取出来导入MATLAB中，再结合问题一给出的模型对基因组进行重组，从而得到新的基因。 最后，基于对的研究， 关键词：基因组组装 全基因鸟枪法测序 贪心算法 最短路径 一、 问题的重述 1.1问题背景 快速和准确地获取生物体的遗传信息对于生命科学研究具有重要的意义。对每个生物体来说，基因组包含了整个生物体的遗传信息，这些信息通常由组成基因组的DNA或RNA分子中碱基对的排列顺序所决定。获得目标生物基因组的序列信息，进而比较全面地揭示基因组的复杂性和多样性，成为生命科学领域的重要研究内容。 1.2问题提出 确定基因组碱基对序列的过程称为测序（sequencing）。测序技术始于20世纪70年代，伴随着人类基