分子模拟实验综合实验精讲.docxVIP

分子模拟实验作业——综合实验一、实验部分1.反应物和产物分子的电子结构（1）画出反应物和产物分子的立体结构图，分别用“wireframe（线条型）”，“ball stick（球棍型）”，“cylindrical bonds（键线型）”，“space filing（实心球型）”四种方式显示。C4H6线条型球棍型键线型实心球型C2H4线条型球棍型键线型实心球型C6H10线条型球棍型键线型实心球型（2）计算反应物和产物分子中各原子上的电荷，并标记ChargesC -0.115 [C(1)]C 0.005 [C(2)]C 0.005 [C(5)]C -0.115 [C(8)]H 0.038 [H(3)]H 0.039 [H(4)]H 0.033 [H(6)]H 0.033 [H(7)]H 0.038 [H(9)]H 0.039 [H(10)]ChargesC -0.080 [C(1)]C -0.080 [C(2)]H 0.040 [H(4)]H 0.040 [H(6)]H 0.040 [H(3)]H 0.040 [H(5)]ChargesC -0.061 [C(1)]C -0.061 [C(2)]C -0.066 [C(3)]C -0.064 [C(4)]C -0.063 [C(5)]C -0.065 [C(6)]H 0.030 [H(7)]H 0.030 [H(8)]H 0.037 [H(9)]H 0.050 [H(10)]H 0.036 [H(11)]H 0.038 [H(12)]H 0.036 [H(13)]H 0.038 [H(14)]H 0.049 [H(15)]H 0.037 [H(16)]（3）计算分子轨道，并图示各个分子的HOMO和LUMO轨道的形状和能量。将所有的分子轨道按能级排列次序，并以此分析两反应物的轨道匹配情况。C4H6LUMOHOMOC2H4LUMOHOMOC6H10LUMOHOMO反应是由1,3-丁二烯的HOMO与乙烯的LUMO反应，故图为分子轨道很匹配，有利于加成反应。DA反应的反应物分为两部分，双烯体提供共轭双烯，亲双烯体提供不饱和键。DA反应是由双烯体的HOMO与亲双烯体的LUMO发生作用，反应过程中，电子从双烯体的HOMO流入亲双烯体的LUMO。C2H4的LUMO轨道与C4H6的HOMO轨道电子云相匹配，正好符合双烯合成的条件，利于反应的进行。(4)绘制反应物和产物分子的总电子密度图和静电势图,分析两个反应物分子的电性匹配情况。C2H4等值面值1.108 分辨率42总电子密度图静电势图C4H6 等值面值0.759 分辨率38总电子密度图静电势图C6H10 等值面值0.759 分辨率40总电子密度图静电势图由轨道匹配来说，要使得反应能够顺利进行，必须是同为正或负。C2H4的静电势图与C4H6的静电势，很匹配，所以有利于加成反应。2.构象搜索与分子间长程相互作用（1）计算丁二烯分子绕CCCC二面角转动的构象，确定稳定构型，并计算内转动的能垒高度。（可能不止一个）此时的构型有两种，顺式构型和反式构型。稳定构型为反式构型，内转动能垒高度：40.58kcal/mol（反式构型）和38.67kcal/mol（顺式构型）。(2)扫描乙烯和丁二烯相互靠近时的势能面。图1 扫描势能面时的构型角度/°2.0?2.5 ?3.0 ?3.5 ?4.0 ?4.5 ?5.0 ?5.5 ?6.0 ?-18053.546.87-0.74-1.15-0.66-0.26-0.030.110.19-17555.347.13-0.72-1.16-0.67-0.27-0.030.110.19-17057.437.44-0.7-1.17-0.68-0.27-0.030.110.19-16559.757.79-0.67-1.18-0.68-0.28-0.030.110.19-16062.278.15-0.64-1.19-0.69-0.28-0.040.10.19-15564.968.54-0.6-1.19-0.7-0.29-0.040.10.19-15067.748.92-0.57-1.2-0.71-0.29-0.040.10.18-14570.499.28-0.54-1.21-0.71-0.3-0.040.10.18-14073.039.6-0.52-1.22-0.72-0.3-0.050.10.18-13575.119.85-0.5-1.23-0.73-0.3-0.050.10.18-13076.4910.01-0.49-1.23-0.73-0.31-0.050.10.18-12576.9810.07-0.5-1.24-0.74-0.31-0.050.10.18-12076.5210.0