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蛋 白 質 體 學 ExPASy資料庫簡介 蛋白質序列分析與預測 授課老師：呂平江 教授 (清華大學 生命科學系) 指導老師：李永安 老師 整理同學： 生科四 林崇文 488340535 生科四 鄭詩思 488340365 餐管四 李佩真 488372564 輔仁大學生命科學系 ExPASy的蛋白質體分析工具 Protein identification and characterization 蛋白質鑑定及特性描述 DNA - Protein 將DNA序列轉為蛋白質序列的工具 Similarity searches 相似序列的搜尋 Pattern and profile searches 模型及圖表的搜尋 Post-translational modification prediction 預測轉譯時的修飾 Topology prediction 拓樸學的預測 Primary structure analysis 主要結構的分析 Secondary structure prediction 次級結構預估 Tertiary structure 三級結構 Sequence alignment 序列比對 Biological text analysis 生物學主題分析 1.Protein identification and characterization 蛋白質鑑定及特性描述 1-1 AACompIdent - Identify a protein by its amino acid composition 以胺基酸成分鑑定蛋白質。 AACompSim - Compare the amino acid composition of a Swiss-Prot entry with all other entries 比較Swiss-Prot entry 與其他entries 胺基酸成分分析結果的差異。 MultiIdent - Identify proteins with pI, Mw, amino acid composition, sequence tag and peptide mass fingerprinting data 以等電點、分子量、胺基酸成分、序列尾端及胜肽質譜特徵資料鑑定蛋白質。 PeptIdent - Identify proteins with peptide mass fingerprinting data, pI and Mw Experimentally measured, user-specified peptide masses are compared with the theoretical peptides calculated for all proteins in Swiss-Prot, making extensive use of database annotations 以胜肽質譜特徵資料、等電點、分子量、胺基酸成分、序列尾端來鑑定蛋白質，以Swiss-Prot中所有蛋白質的理論性胜肽來比較實驗上的測量以及使用者指定的胜肽質譜，提供廣泛的資料庫註解功能。 TagIdent - Identify proteins with pI, Mw and sequence tag, or generate a list of proteins close to a given pI and Mw 以等電點、分子量、序列尾端來鑑定蛋白質，並產生與所給之等電點及分子量最接近的蛋白質列表。 FindMod - Predict potential protein post-translational modifications and potential single amino acid substitutions in peptides. Experimentally measured peptide masses are compared with the theoretical peptides calculated from a specified Swiss-Prot entry or from a user-entered sequence, and mass differences are used to better characterize the protein of interest. 預測可能的蛋白質轉譯修飾及單一胺基酸可能取代之胜肽。將實驗上的胜肽質譜測量結果與指定的Swiss-Prot中的理論性胜肽或使用者所輸入的序列作比較，集合其差異以作出更佳的蛋白質特性描述