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1. ?itraq的原理是什么？ Itraq的检测可以做这样的比喻，蛋白被打成肽段后，被平均的铺在了一个有384个孔的平板上，然后机器会从每个孔中选取浓度在前5名的蛋白进行鉴定和比对，所以，如果假设每个一个样本中有100个蛋白，他们的浓度均为1%，那么得到的结果就是蛋白的得分低，但是鉴定的蛋白数量会很多，可以达到90以上；如果一个样本中有100个蛋白，有3个蛋白的含量分别为30、20、10、其他的97钟蛋白为剩下的50%，那么这三种蛋白的得分高，但是鉴定出的蛋白数量会比较少，也许只有50或者60个。因为一些高丰度的蛋白会大量分部在上述的小孔中，抑制了其他蛋白的检出效果。 2. ?iTRAQ技术区别与以往二维电泳技术，具有如下优势： 2.1灵敏度很高，检测限较低，可检测出低丰度蛋白； 2.2高通量：同时对4-8个样本进行分析，提高实验通量，可同时对多个时间点或不同处理的蛋白质进行分析； 2.3分离能力强，分析范围广，iTRAQ可以对任何类型的蛋白质进行分离鉴定，包括高分子量蛋白质、酸性蛋白和碱性蛋白，膜蛋白和不溶性蛋白； 2.4结果可靠：通过高度敏感性和精确性的串联质谱方法，不需要凝胶，即可获得相对定性与定量分析结果； 2.5自动化程度高：液相与质谱连用，自动化操作，分析速度快，分离效果好。 由此可得，iTRAQ技术比二维电泳技术能发现更多数量和种类的蛋白，但在比较胞浆蛋白及蛋白量的变化方面，二维电泳技术有一定长处，对iTRAQ的实验结果有互补作用。 3. ?LC/MS中蛋白处理是定量还是定性？ 这是属于定量，需在蛋白定量后，各取相同量（50-100 ug）的蛋白（体积不大于25 ul，少于25 ul的用专用裂解液补至25 ul）进行还原化和烷基化。 4. ?LC/MS对需要检测的蛋白有量的要求吗？ 有的，要求蛋白量最低50 ug，浓度最低要为5 ug/uL，否则同位素无法标记。 5. ?数据分析中主要看哪些参数？ 对于液质联用的数据分析，一般观察的参数为：Total Ion Score C.I. %（可信度）和Tag-80/Tag-0（两样本的比值）。 6. ?众多可信度数值中，主要选择哪些进行研究？ 一般来说可信度在80%以上的均为可信程度非常高的。有些蛋白可信度在60%以上的也可以作为参考数据。 7. ?可信程度低于80%的数据有意义吗？ 可信程度低于此值的，如果有感兴趣的蛋白可以通过ELISA、WB、Q-PCR、液态芯片等技术手段进一步验证，毕竟LC/MS是研究蛋白组学的方法之一，如全面研究还是要综合各种研究方法。 8. ?两样本的比值都代表什么？ 两样本的比值如果在0.9-1.1之间的，可以认为两样本的含量是一样的，即比值为1：1；而小于0.9或大于1.1均可认为两样本之间的比值是有差异的。 9. ?质谱图中显示的是各种蛋白吗？ 不是各种蛋白而是蛋白被打碎后的离子图谱，由于质谱法是电场和磁场将运动的离子（带电荷的原子、分子或分子碎片）按它们的质荷比分离后进行检测的方法。测出的是离子的准确质量，由此来确定离子的化合物组成。 10. ?液质联用是不是可以检测所有蛋白？ 原则上讲是这样的，如果单个蛋白在所提供的样本中的含量少于100 ng可能就检测不出来了，总体上样量为50-100 ug，一般每次可以检测出来的蛋白数量从几百到几千都有可能，取决于标本本身的情况。 11. ?提供的结果除了分析数据外，是不是包括蛋白名称还是蛋白的大致归类？ 给出的是蛋白的名称，按照可信度从大到小排列。 12. ?是否还有每个蛋白的鉴定图谱或者提供蛋白结果分析? 没有每个蛋白的鉴定图谱，图谱是肽段。 13. ?蛋白上样量是多少？收集蛋白体积100 ul吗？应该大于100 ul还是小于100 ul？ itraq对蛋白收集体积没有特别要求，只要求浓度至少是5 ug/ul的蛋白至少20 ul即可。 14. ?差异蛋白试验的结果包括哪些呢？存在差异的蛋白种类，名称，肽段序列，分子量，pI或者有否其他的什么信息，结果是以什么形式进行报考呢？表格或图片？ 差异蛋白试验的结果包括：Protein Name、Species、Accession Number、Protein MW、Protein PI、Total Ion Score、L/N；结果以表格形式提供。 15. ?对实验的样品有什么要求？浓度，纯度，是否可以有盐，如果是胞内蛋白需要怎样裂解，或者你们是否可以帮忙处理样品？ 若蛋白由您提供给我们，则蛋白浓度要求5 ug/ul，体积要求至少50 ul，总蛋白量至少100 ug；或者您直接提供组织、细胞或菌体给我们，蛋白由我们来抽提，但是您要告知我们蛋白是抽提全蛋白还是膜蛋白还是其他特殊蛋白。 16. ?检测的蛋白是酶，