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Chemoffice软件在化学绘图和数据处理中的应用 摘要：ChemOffice软件应用广泛，可以绘制化学结构图，原子、分子轨道图，电子云图，核磁共振图谱。还可以分析化合物的物理化学属性，进行二维和三维之间的转化。 关键词：ChemOffice软件；轨道；图谱。 ChemOffice软件在化学绘图与数据处理中应用广泛，有强大的分子结构绘图和分子计算分析功能，不仅可用于化学教学、化学分析、化学计算、创建化学数据库，还可用于化学研究领域，是一个理想的化学软件，能使枯燥无味的化学结构和化学反应变得生动形象，对理解和掌握有关知识，有着举足轻重的作用。 该软件主要包括ChemDraw(化学结构绘图)、Chem3D(分子模型及仿真)、ChemFinder(化学信息搜寻及整合系统)3大模块。 利用ChemDraw 可以方便的读取和构造各种格式的化学结构式使文章编辑图文一体,同时利用内置的分子性质预测模板计算所绘制的化合物的核磁共振图谱各种物理化学性质。 Chem3D可以把ChemDraw绘制的二维结构式正确地转换为三维结构，能够以三维方式显示量子化学计算结果，如分子轨道、电荷密度分布等。 ChemFinder 数据管理系统具有很强的模糊识别和纠错能力，全面检索化合物结构亚结构立体化学特性、分子式和物化性质生物活性等特征文本。 ChemDraw模块 1分子结构图形 ChemDraw存贮了大量的分子结构图形，有些化合物可以直接输入化合物的俗名即可获得其相应的结构。如绘制杀鼠灵(warfarin)和色氨酸(tryptophan)的分子结构时，只需在ChemDraw的绘图区域中输入warfarin和tryptophan，然后在structure菜单中选择convertnametostructure(根据命名创建结构)，即得该化合物的结构。而有些化合物，系统没有收录相应的俗名，则必须绘制出相应的结构或是给出系统命名后方能显示出相应的化学结构，如甲硝唑(Metronidaz01e)。对于已经绘制出的化合物，只要选定化合物的结构，在structure菜单中选择convertstructure to name(根据结构创建命名)左键单击，即得该化合物的系统命名(见图1)。 图1杀鼠灵和色氨酸的分子结构及系统命名 2原子轨道、分子轨道和电子云图 在结构化学的教学过程中，不可避免的要涉及到原子轨道、分子轨道和电子云图的绘制，手工绘制不仅费时费力，而且效果欠佳ChemDraw提供了r轨道、少轨道、d一轨道和dz2轨道的模板图形，用轨道模板绘制轨道图非常方便。如要绘制轨道图，只需选择轨道工具(Orbitalt001)面板中的相应轨道，在需要添加原子的位置单击即可，如图2所示 图2 d-轨道和dz2轨道效果图及苯分子π轨道图 3核磁共振图谱 ChemDraw还可预测许多化合物的1H-NMR和13C-NMR谱。如要预测苯并吡啶的1H-NMR图谱，首先在ChemDraw中绘制出阿司匹林的分子结构，其次选定其分子结构，再在structure菜单中选择Predict1H—NMRShifts，即生成苯并吡啶的1H—NMR图谱(见图3)。 图3 苯并吡啶的1H- NMR 谱 4化合物分子的物理化学属性 4.1分析化学结构基本参数 ChemDraw 可以分析计算化合物结构的基本参数，包括分子式、分子量、摩尔质量、质荷比和元素百分比，并可以选择直接粘贴在文档中。如图4 图4 立方烷的基本参数 4.2分析物理化学属性 进行物理化学属性分析时，在View 菜单中选择ShowChemical Propertiex Windows 就可以得到可以分析出的物理化学属性，如图5所示为金刚烷的物理化学属性点击右图的 Paste 按钮，则可直接把物理化学属性粘贴在文档中，点击 Report 按钮，则各种物理化学属性以及计算方法将以记事本文件打开。可以选择保存文件。 图5 金刚烷的物理化学属性 5实验装置图 在研究论文的撰写过程中，常常需要绘制实验研究所采用的实验手段，ChemDraw提供了相应的绘制模板。绘制时，首先选择模板工具，然后单击Clipwarepartl或Clipwarepart2，在弹出的工具面板中选择相应的器皿，在绘图区单击，再根据实验流程要求组装即得所需的图形。如图6 图6 应真空蒸馏装置 Chem3D模块 1 利用Chem3D将二维图形转化为三维图形 Chem3D可以形象地描绘大分子化合物、蛋白质和核酸，并突出其二级结构。在ChemDraw 中建立分子结构式并保存，然后在Chem3D