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MEGAN5入门指南注意是MEGAN，不是MEGA。这个软件设计的非常好，它主要是使用LCA算法，分析BLAST结果。除了进行物种的丰度和多样性分析，也可以进行功能基因的多样性和丰度分析。用Java写的，各种平台都可以运行。虽然目前自己主要在用mothur来做，但MEGAN5的画树功能简直太强大了，问了几个大牛要用法说明但都让我自己去ROS。。。无奈只好把它翻译下来，希望近期可以将MEGAN的分类学系统组成树及系统发生进化树两个功能拿下官方网站：http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan5/http://ab.inf.uni-tuebingen.de/software/megan5/?MEGAN5入门指南1介绍?宏基因组学的目的是通过测序和分析复杂环境样品DNA去理解他们的组成和操作。同样,metatranscriptomics和metaproteomics的目标则是从这些样本分别获得的RNA和蛋白质。随着2代测序方法技术发展不断推动着快速增加的数量和复杂范围环境测序项目。因此,序列数据分析的任务极大的增加。2基本的计算问题?面对宏基因组数据的时候，我们经常会面临3个最基本的计算任务：系统学分析，功能分析，比较分析。他们也叫做“那儿的是谁”，“他们在做什么”，“他们是如何合作的？”这些给我们的概念和计算带来巨大的挑战，需要大量新的生物