计算机在科学与工程中的应用-3.1绪论.ppt

计算材料学是利用现代高速计算机，模拟材料的各种物理化学性质，深入理解材料从微观到宏观多个尺度的各类现象与特征，并对于材料的结构和物性进行理论预言，从而达到设计新材料的目的。 计算模拟及设计在材料研究中的重要性 对于材料的性质，常由几个层次的结构来决定，因而近年来将不同方法结合起来的跨尺度方法受到广泛的重视。 手动构建构造?-石英晶体： 需要知道空间群，晶胞内各原子的位置，晶胞尺寸 空间群：P3221 晶胞参数a 和 c ，a=4.910 ? ， c=5.402 ? 。 Si元素坐标：a=0.480781, b=0.480781, c=0.0。 O元素坐标：a=0.150179，b=0.414589，c=0.116499。 构建表面，观察不同晶面指数的面 --为了方便观察，使用Si晶体 在MS软件自带例子中导入Si晶体的3D模型，并改变其显示方式以便于观察为准 观察（111）面 Build / surfaces / cleave surface 出现界面。输入要看的晶面（111），改Top、Thickness中的数据，图中的蓝色框相应改变，可见选的区域。 改变参数，以观察更大的切面 单击 ，如右图，选中 表面原子。按鼠标右键， 出 在下面改变表面原子颜色。 Sketch Atom 按钮 可以画任意元素的原子，默认画碳原子。下面要将双碳原子侧链接到环上。 在绘图工具栏(Sketch toolbar) 上单击Sketch Atom 按钮 ，松开，然后鼠标移动到环的3D文档中，这时鼠标看起来象一只“铅笔”。将“铅笔”移到环的一个碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上。移动“铅笔”并在3D的合适位置单击左键，设置另一个碳原子。键自动加在此碳原子与环之间。将“铅笔”移到另一位置，双击左键，又画出一个碳原子。这样就作出了连到碳环上的一个双碳原子链。 另一种终止链延续的方法：在3D的某一合适位置单击左键，画出最后一个碳原子，然后 按一下键盘上的ESC 键即可。化学键 自动加在新画的碳原子之间。 注意，对错误操作，可用工具栏上的Undo按钮 取消。 4. 绘制氧原子 单击 ，则 激活。在其下拉选项中，选择Oxygen。将鼠标移到侧链的第一个碳原子上，这个碳原子变蓝。左键单击此碳原子，将键连接到该原子上。移动鼠标并在3D的合适位置双击左键，这样设置了一个氧原子，终止了链的延续。 在 3D Viewer 工具栏上，单击 3D Viewer Selection Mode 按钮 ??。 ?? 如果 3D Viewer 工具栏 没有出现， 在View / Toolbars 中选 3D Viewer即可。 现在处于原子和键的选择模式 (selection mode)。 5. 编辑原子类型 左键单击侧链的终端碳原子，选中后此碳原子变为黄色， Sketch 工具栏中Modify Element 按钮 被激活。 一般选中某个原子后，在Modify 菜单下的Modify Element 中选择Oxygen或其它原子来改变原子类型。 N C 点击Modify Element 按钮 ?? 右侧的箭头，在下拉选项中选择 Nitrogen，则碳原子变为氮原子。 在3D Viewer的任意位置点击左键，取消原子选择。 总之，首先选择两个原子之间的键，然后在Sketch 工具栏上的Modify Bond Type 按钮来改变键的类型，同样的选项也可以在Modify 菜单下的Modify Bond Type 中找到。 如果要选择多个原子或键，请按下Shift 后再进行选择。如要取消选择，请在结构外单击鼠标左键。 * 在3D Viewer 结构外的任意处单击左键，取消选择。 6. 编辑键的类型 * 按住 SHIFT key，交替单击环上的三个键。如图，这样就选中了四个键： 3个 C-C bonds 和一个 C-O bond。 * 点击 Modify Bond Type 按钮 ???? 右侧的三角，在下拉选项中选择Double Bond 。四个选中的键都成了双键。 * 在 3D Viewer上，单击 C-O bond ，键变成黄色，表明已经选中。 Modify Bond Type 按钮