基于圖形表示的蛋白质二级结构序列的比较x.docVIP

基于图形表示的蛋白质二级结构的比较 作者： 单位：大连交通大学 摘要：蛋白质结构的比较已经成为当前生命科学研究的重要内容。本文给出了蛋白质二级结构的一种新的2-D图形表示，把蛋白质二级结构转化成平面上的点列，根据点列的分布特点得到其拟合曲线，并利用α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲结构的频率构造三维向量来描述蛋白质二级结构的属性，对1ayd等12个蛋白质二级结构进行相似性比较，得到了较好的结果。本方法简单快速，为蛋白质二级结构比较提供了新的手段。 关键词：蛋白质二级结构；图形表示；特征序列频率；曲线拟合 1 引言 蛋白质是生物体内占有特殊地位的生物大分子，它是生物体的基本构件，也是生命活动的重要物质基础，几乎一切生命现象都要通过蛋白质的结构和功能而体现出来。因此，在分子生物学中，深刻阐明蛋白质的结构和功能，是探索生命奥秘的最基本任务。具有相似结构的两个蛋白质，其氨基酸序列可能相差很大，甚至完全不同。原因在于，趋同进化作用使得两个不同进化源点出发的蛋白质可以折叠得到相似的空间结构。所以，需要在结构上对蛋白质进行比较以发现具有相似结构的蛋白质。蛋白质结构的比较已经成为当前生命科学研究的重要内容。 通过比较蛋白质结构，可以发现蛋白质的共性，发现属于同一家族蛋白质的保守结构，发现与蛋白质功能密切相关的结构域。目前为止，蛋白质结构的比较有多种方法：球体法（球壳法）（BALL）、三维网格法