基因組学对抗菌药物的发现及毒物学的影响.docVIP

13. 基因组学对抗菌药物发现及毒物学的影响 Dorothea K. Thompson, Jizhong Zhou 刘妍译；张晓君初校；申剑、张晓君校对; 13.1 引言 目前，由于微生物病原菌对抗生素抗性的日益提高，开发新型的抗菌药物应用于临床治疗的需求变得十分紧迫（Allsop,1998）。微生物快速地进行着进化和适应，很多微生物已经建立起一套对几乎所有种类的临床使用抗生素的抗性机制，越来越多的微生物具有多重的抗性系统，能够躲避或减轻抗生素的作用（Gold and Moellering,1996；Sefton，2002）。因此，目前新药开发的重点应该是开发具有新型作用机制的抗生素，而不是仍在已有的药物中研制类似的替代品。基因组水平的DNA序列信息为我们提供了空前多样的开发新药所需的潜在分子靶点，而且，那些新发展出来的遗传学技术也需要对很多环节进行研究，从最初阶段的分子靶点的选择到鉴定、优化、确认等环节进行研究，影响了新药研制和开发的进程（Cockett et al.,2000; 见图13.1）。制药行业目前面临着一个重要的挑战，即在早期的开发阶段有效地对新化合物进行药物毒性进行评估。除了推进新药开发的过程之外，基因组学还能够通过降低研制新药时由于药物毒性导致的候选药物的高失败率这个途径来评估新药的安全性。（Lakkis et al. 2002）。微芯片技术在药物开发领域的应用迅速得到扩展，其所涉及的领域现已包括基础研究、新药开发、生物标记的选择、药理学、毒物学、靶点选择以及预测技术的发展等（见Butte的综述，2002）。 在这章中，我们将会讨论细菌基因组测序、生物信息学以及以基因组学为基础的技术在针对微生物感染的新药开发和毒物学研究这两个领域中所起到的作用。计算机基因组分析(如：比较基因组学、模体分析)和试验功能基因组学（如：微阵列、蛋白组学）的融合使新药的开发过程发生了改变，从原来直接的抗生素筛选过程转变为更为合理的以靶点为基础的筛选策略。在本章中，我们首先对抗生素的发现做了一个简单的历史回顾，接着讨论目前新药开发所面临的挑战，微生物基因组学对靶点识别所起的影响，以及基因组规模的试验技术在靶点确定和药物筛选方面得到的应用。最后，我们将对相关的毒物学问题进行探讨，如通过基因组学的资源对化学物质、环境污染物、候选药物的潜在毒性发生作用的分子机制进行确定。此外，我们还将举例说明，微阵列技术如何在转录组学水平为对潜在的药物毒性进行预测的分析过程提供一个理想的平台。（Nuwaysir et al.,1999）。 13.2 抗生素药物的发现：历史回顾 诸如青霉素、头孢菌素、链霉素、杆菌肽等抗生素物质于十九世纪三十年代至四十年代陆续被发现，在制药行业开创了一个“抗生素时代”。随着将青霉素投入医学应用，其余大多数的抗生素都是通过从自然界物质文库（多数是土壤微生物的产物）中分辨其有无杀死或抑制细菌的能力来进行系统筛选而得到的。这样的筛选系统是对自然物质文库进行随机的筛选，因此是基于现象而不是基于目标的（Vidal and Endoh,1999）。 抗生素是微生物次级代谢的产物，次级代谢在药物发现的历史上占据了一个重要的位置。目前在医学上使用的药物有40％都来源于微生物和植物这样的天然资源，对于医学上重要的抗生素来讲，绝大多数来源于3个细菌和真菌的种：Streptomyces， Aspergilli，和Penicilli（Hutchinson,1998）。此外，目前用传统方法筛选已得到广泛应用的抗生素对一部分重要的细胞功能会产生抑制：（1）细胞壁肽聚糖的合成（β－内酰胺，糖肽）；（2）DNA或RNA的合成（醌，新生霉素，利福平，甲硝哒唑）；和（3）蛋白质合成（四环素，氯霉素，梭链孢酸）（Moir et al.，1999）。例如，四环素针对负责合成细胞蛋白的核糖体30S小亚基起作用，利福平通过作用于依赖于DNA的RNA聚合酶的β亚基来阻断RNA的合成(见Chopra的综述，1998)。然而，很多其他的重要细胞功能和代谢途径，如蛋白质分泌、信号转换、细胞分裂和其他很多代谢活动（如：能量的产生），并不为抗生素所抑制，因此是药物作用靶点选择的重要区域。在过去的30年中，为应对新型抗生素稀缺这一问题（Hancock and Knowles,1998），对已有的抗生素的化学和结构水平进行合成修饰这种方法来应对新型抗生素稀缺这一问题（Hancock and Knowles,1998）。 另一方面，制药公司在新药开发和研制问题上总是习惯依赖于针对病理生理过程中那些已被详细研究的生化途径里的蛋白为作用靶点（Gmuender,2002）。被选为干涉治疗的靶点的通常是酶或受体。重要代谢途径中催化限速反应的酶被识别、纯化，然后用一组结构上有差异的小分子物质进