系统聚类的方法探讨.pptVIP

上述八种系统聚类法的步骤完全一样，只是距离的递推公式不同。兰斯（Lance）和威廉姆斯（Williams）于1967年给出了一个统一的公式。 (18) 其中ap、aq、 ? 、 ?是参数，不同的系统聚类法，它们取不 同的数，详见表4。 这里应该注意，不同的聚类方法结果不一定完全相同，一般只是大致相似。如果有很大的差异，则应该仔细考查，找到问题所在；另外，可将聚类结果与实际问题对照，看哪一个结果更符合经验。 四、类间距离的统一性 表4 系统聚类法参数表 四、类间距离的统一性 “ ” “ ” 聚类分析 * 聚类分析 一 聚类分析的定义 二 系统聚类的基本思想 三 八种系统聚类方法 四 类间距离的统一性 一、聚类分析的定义 “物以类聚，人以群分”。对事物进行分类，是人们认识事物的出发点，也是人们认识世界的一种重要方法。因此，分类学已成为人们认识世界的一门基础科学。 聚类分析就是分析如何对样品（或变量）进行量化分类的问题。通常聚类分析分为Q型聚类和R型聚类。Q型聚类是对样品进行分类处理，R型聚类是对变量进行分类处理。 二、系统聚类的基本思想 系统聚类的基本思想是：距离相近的样品（或变量）先聚成类，距离相远的后聚成类，过程一直进行下去，每个样品（或变量）总能聚到合适的类中。 系统聚类法是诸聚类分析方法中使用最多的一种，按下列步骤进行： 计算n个样品两两之间的距离，构成距离矩阵 合并距离最近的两类为一新类 计算新类与当前各类的距离。再合并、计算，直至只有一类为止 画聚类图，解释 将n个样品各作为一类 三、八种系统聚类方法 在进行系统聚类之前，我们首先要定义类与类之间的距离，由类间距离定义的不同产生了不同的系统聚类法。常用的类间距离定义有8种之多，与之相应的系统聚类法也有8种，分别为最短距离法、最长距离法、中间距离法、重心法、类平均法、可变类平均法、可变法和离差平方和法。它们的归类步骤基本上是一致的，主要差异是类间距离的计算方法不同。以下用dij表示样品Xi与Xj之间距离，用Dij表示类Gi与Gj之间的距离。 1. 最短距离法 定义类与之间的距离为两类最近样品的距离，即为 (1) 设类与合并成一个新类记为，则任一类与的距离为 (2) 最短距离法进行聚类分析的步骤如下： （1）定义样品之间距离，计算样品的两两距离，得一距离 阵记为D（0） ，开始每个样品自成一类，显然这时Dij = dij。 （2）找出距离最小元素，设为Dpq，则将Gp和Gq合并成一个 新类，记为Gr，即Gr = ｛Gp，Gq｝。 （3）按（5.12）计算新类与其它类的距离。 （4）重复（2）、（3）两步，直到所有元素。并成一类为 止。如果某一步距离最小的元素不止一个，则对应这些 最小元素的类可以同时合并。 1. 最短距离法 【例 1】设有六个样品，每个只测量一个指标，分别是1，2，5，7，9，10，试用最短距离法将它们分类。 （1）样品采用绝对值距离，计算样品间的距离阵D（0） ，见表1 表 1 1. 最短距离法 （2）D（0）中最小的元素是D12＝D56＝1，于是将G1和G2合 并成G7，G5和G6合并成G8，并利用（5.12）式计算新类与其 它类的距离D（1） ，见表2 表 2 1. 最短距离法 （3）在D（1）中最小值是D34＝D48＝2，由于G4与G3合并， 又与G8合并，因此G3、G4、G8合并成一个新类G9，其与其 它类的距离D（2） ，见表 3 表 3 1. 最短距离法 （4）最后将G7和G9合并成G10，这时所有的六个样品聚为一类，其过程终止。 上述聚类的可视化过程见图1所示，横坐标的刻度表示并类的距离。这里我们应该注意，聚类的个数要以实际情况所定，其详细内容将在后面讨论。 图1 最短距离聚类法的过程 1. 最短距离法 2.最长距