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序列分析软件GUI设计实践报告班 级: 姓 名:学 号: 指导老师: 2015年12月30日概述。在MATLAB课程设计实践中，通过参考《MATLAB 7.X生物信息工具箱的应用——基因序列分析》系列文献，运用Matlab7.0生物信息工具箱，设计出用于生物学领域的软件GUI界面。该软件在工具箱提供的开放环境里，可以实现对核苷酸序列及蛋白质（氨基酸）序列的序列分析及比对的功能。软件整体界面如下：本作品由MATLAB7制作完成，实现序列分析和序列对比两大功能。其中序列分析功能实现对象为核苷酸序列及氨基酸序列，而序列比对的功能实现对象为氨基酸序列。 序列分析的功能包括绘制密度图、计算4种核苷酸分布（画图+显示数据）及互补核苷酸数、绘制每个开放阅读框热红外分布图、二聚体分布图、计算密码子及其分布（包含绘制其红外密度图）、显示核苷酸的开放阅读框、实现摘录子序列、实现核苷酸与氨基酸的互相转化、计算氨基酸数目、绘制开放阅读框对应的氨基酸分布柱状图、计算氨基酸分子量，计算氨基酸序列的元素组成的功能，这些功能将通过mitochondria核苷酸序列及其对于氨基酸序列演示。而对于序列比对的功能，我准备了氨基酸序列之间的散点图对比图功能，全局序列对比的功能，局部序列对比的功能以及计算M起始序列（从第一个M氨基酸到第一个终止密码子“*”的序列）的功能。这些功能通过对比mitochondria 与hexosaminidase(这是一个结构体，但是这里只取其序列部分)的编码氨基酸序列来进行演示。本软件还有两个附属功能，第一就是把密码子转换成氨基酸的功能，可在对应窗口实现，方便使用者查找对应的氨基酸。第二，就是可以访问用户指向的网址的功能。下面将会分块介绍这些具体的功能：软件GUI界面介绍。绘图区域（axes）:有两个，是用来展示密度图线，核苷酸分布图等图标用的。可编辑文本框（edit）与下拉文本框（listbox）:本程序含有3个主要的可编辑文本框，前两个用于显示对应的核苷酸与氨基酸的序列，中间的一个长条形的文本框是用来输出绘图或者是核苷酸/氨基酸功能的输出数据的。其他的文本框用于显示开放阅读框，氨基酸信息，或供用户输入基因序列的文件号/需要查询的密码子等次要功能。下拉文本框负责显示3个开放阅读框的每一个编码的起始与终止位置，以及他们的长度等信息。然后是功能按键（pushbutton），主要用来执行相应的操作，分为氨基酸功能区和核苷酸功能区，序列分析和序列比对的功能分布在其中。其他的功能按键主要来实现打开网页，读取基因序列，提取子序列，分析开放阅读框，查找密码子对应的氨基酸的功能。下拉菜单部分：下拉菜单主要是供用户选择需要执行的功能的。比如可以选择是从网站下载序列还是从工具箱中直接读取文件，又或者是提取子序列。也可以在是选择输出什么样的图形 ，具体的会在功能具体介绍时指出。全局函数设计的理念概述数据全局变量：在数据存放变量方面，本程序采用了S S1 S2 S3 S4 orfs DATA Pro1 Pro2共9个全局变量，S是核苷酸序列暂存变量，负责存放用户最新存放的核苷酸，比如用户读入1号核苷酸序列，S就会具有这个序列的值，再比如当提取过子序列后，最后提取的子序列也会存在这个变量里面，对于开放阅读框也是同理，而核苷酸的操作部分就是针对S进行操作，也就是说用户左后操作的DNA序列将被用来实现核苷酸的功能。S1是一号窗口的核苷酸序列存放的变量，S2则是S1提取的子序列存放的变量，S3是2号窗口的核苷酸存放的变量，S4是S3提取的子序列存放的变量。Orfs则存放了核苷酸序列的全部开放阅读框的信息，给“开放阅读框”功能处理。Pro1 存放S1提取的子序列（也就是S2）转换成氨基酸后的序列，Pro2存放了S3提取的子序列（也就是S4）转换成氨基酸后的序列，他们分别显示在氨基酸窗口1/2中。DATA则存放画图表所需要的数据，他是图标的数据源。他们之间的的具体关系将于介绍功能的时候详细介绍。定位全局变量:为了实现在指点窗口中绘图的功能，在函数编写上，通过设计四个全局变量h1、h2、p1、p2来完成。h1和p1表示坐标窗口1，h2和p2表示坐标窗口2。其函数代码为：function Program_OpeningFcn(hObject, eventdata, handles, varargin)global h1 h2 p1 p2h1=findobj(Tag,axes1);h2=findobj(Tag,axes2);p1=get(h1,position);p2=get(h2,position);自己编写的函数：为完成各项功能绘图源/分析后数据的结果在可编辑文本框中的输出，编写dispdata函数来实现，其负责将DATA全局变量的值显示在“数