生命情報学基礎論-bic.kyoto.ppt

* * * * * * * * * * * * * * * ポテンシャル型スコア関数を用いたスレッディング 全体のポテンシャルエネルギーを最小化（Σfd(X,Y)が最小となるようなスレッディングを計算） プロファイル型スコア関数とポテンシャル型スコア関数 プロファイル型スコア関数　　　 (Eisenberg et al. 1991) ポテンシャル型スコア関数　　　　　 (Miyazawa, Sippl, . . .) ポテンシャル型の場合の最適解計算 厳密な最適解の計算は困難(NP完全) 様々なアルゴリズムの提案 分枝限定法 (Lathrop Smith 96, Ming Li et al. 2002) 多くの場合に現実的な時間で最適解を計算可能 コア領域内でのギャップは許されない Frozen Approximation (Godzik Skolnick 92) 通常のDPと同様のアルゴリズムが利用可能 Double DP (Jones, Taylor Thornton 92) DPを二重に用いる 立体構造アライメントなどにも応用可能 Frozen Approximation ○にFをアラインする際のスコアの正確な計算には、○に何がアラインされているかを知ることが必要 ?動的計画法では最適解 　　　が計算できない Frozen Approximation