关联分析相关软件演示.pptxVIP

DEMO of related software in association analysis 张学海xuehai85@126.com2010.5.18Related softwarePowermarkerStructure2.2SPAGeDiTASSEL2.0More informationPowermarker/software/structure22/Structure2.2/software/structure22//software/structure22//index.php?option=com_contenttask=viewid=89Itemid SPAGeDi/index.php?option=com_contenttask=viewid=89Itemidhttp://www.ulb.be/sciences/ecoevol/spagedi.htmlTASSEL2.0/index.php?option=com_contenttask=viewid=89Itemid/index.php?option=com_contenttask=viewid=89Itemid= SSR带型记录第一种读带方式： 以0、1统计，相同迁移率位置上，有带记为1，无带记为0。适合于NTSYS，powermarker等软件读带问题.txt第二种读带方式：File format of Powermarker引物名称群体类型标记基因型，中间用“/”隔开，缺样用？/？表示。材料名称或编号关联软件演示/powermarker软件/powermarker演示.exe演示File format of StructureMarker nameInbred nametwo linesMissing genotypeMarker genotypeSTRUCTRE软件原理应用STRUCTRE软件（Pritchard 2000），是对群体进行基于数学模型的类群划分，并计算材料相应的Q值（第i材料其基因组变异源于第k群体的概率）。分析的大致理念是，首先假定样本存在K个等位变异频率特征类型数（即服从Hardy-Weinberger平衡的亚群，这里K可以是未知的），每一类群标记位点由一套等位变异频率表征，将样本中各材料归到(或然率用Bayesian方法估计)第k个亚群，使得该亚群群体内位点频率都遵循同一个Hardy-Weinberg平衡。structureCreate a new project 1) Project information 2) Information of input data set 3) Format of input data setSet up parametersResults 关联软件演示/structure软件/structure演示.exe演示K值确定L′(K) = L(K) – L(K – 1)|L′′(K)| = |L′(K + 1) – L′(K)|ΔK = m|L′′(K)|/s[L(K)]ΔK =m(|L(K + 1) ? 2 L(K) + L(K ? 1)|)/s[L(K)]注： s[L(K)]为标准差，K值确定方法具体请参考原文献： G. EVANNO, S. REGNAUT and J . GOUDET， Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study[J]. Molecular Ecology,2005,14, 2611–2620.Distruct柱形图绘制参见distruct软件包，将文中的相应部分替换为自己的相应数据即可。File format of SPAGeDi用于定位基因型的最大字符数群体大小亚群数目空间坐标标记数目二倍体参数选择及结果处理spagedi参数选择问题：第一步：1 kinship coefficient第二步：4 Jackknief over loci 第三步：3 Report matrices with pairwise spatial distances and genetic coefficients第四步：3 mutilocus estimates matrix and columnar forms生成的结果需做如下处理：将生成的txt文件用excel打开，然后将矩阵数据部分复制到一excel中，对于小于0的数据用0代替，对角线上的空着的用1代替，最后对整个矩阵乘以2即可，此时可用于tassel分析。关联软件演示/spagedi软件/spagedi演示.exe演示File format of Tassel145/tassel格式g