蛋白同源建模及分子对接.ppt

原理：原子能量最小化 * * 蛋白同源建模及分子对接——以CueO蛋白为例 基本策略 建立模型：Swiss-model、 Modeller 模型检测：Save 模型优化：Chiron 再次检测：Save 分子对接：Autodock 序列与模板相似度，30%模板可用 GMQE（Global Model Quality Estimation）是一种基于目标模板对准结合性质的质量估计，数值在0-1之间，越接近于1表示模型越接近实验结果。 Swiss-model同源建模 QMEAN(Qualitative Model Energy Analysis) QMEAN对模型的质量估计是基于蛋白模型的局部和全局计分，包括四个结构描述符： All atom：成对原子距离依赖性电位 C-β： C-β相互作用势能 Solvation：残基包埋情况 Torsion：扭转角分布 蛋白模型 局部(每个氨基酸)Z-score Z-score在pdb数据库中所有蛋白中的分布 Modeller软件 Modeller是一种用Python语言编写的，可用于本地建立分子模型的软件。然而，很多人并不熟悉Python语言，因此有人编写了一个Moldoller的GUI界面的软件——Easymodeller， Easymodeller科用于简单的单模板建模。目前Modeller最新版本为9.16 Easymodeller 最