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建树五步曲之Alignment 为所选序列定义遗传密码! 建树五步曲之Alignment 点选蛋白质按钮，将DNA转变为 蛋白质，接下来你可以按一般步骤Alignment，最后别忘了按核酸钮(上面那个)，将蛋白质变回DNA. Note: 当你在MegaAlign 中完成了Alignment 后，有几种种格式可以让你选择保存 ，但常用只有MEG和MSF两种。MEG是MegaAlign 的格式，一般不推荐使用，因为这种格式兼容性很差。MSF是一种通用格式，推荐保存成这样的格式，这对以后的处理会很有帮助。当然，如果你的Alignment结果很好，也可以直接存成PAU格式进行作树分析，但这样的情况很少。 建树五步曲之Alignment MegaAlign 虽然很好用，但有时会觉得它的速度比较慢，对于大量数据的情况，MegaAlign 的速度就会让我们有点不耐烦了，而且，这个程序比起正宗的Alignment程序Clustal X来说，还是有一些不足的地方，所以我在这里还是把Alignment的老大—Clustal X给大家介绍一下： 特点 速度快； 可以进行Alignment间的二次Alignment； 可以输出成多种格式方便后续处理。 建树五步曲之Alignment Clustal X 的一个很大的优点就是它能进行Alignment间的二次Alignment。但这种方法有什么好处呢？在进行大跨度的物种分析时，由于变异太大，很难将序列有效的对齐，这时可以先将那些公认的关系比较近的物种先分类排好，再将这些排好的结果二次Align，这样得到的结果能更加准确，能最大限度的增加信息位点的数量。 建树五步曲之Alignment 用Clustal X 进行Alignment前，别忘了先设置参数。 建树五步曲之Alignment 设置输出的格式 Clustal 格式的后缀是.aln，PHYLIP 格式为.phy。这两种格式都是比较常用的格式，如果没有特殊的要求，两种格式随便用哪 一个都可以，如果在文章里要求出现Alignment结果，那么还可以设置一下外观，让结果更适于发表。 建树五步曲之Alignment NOTE： 说了这么多，差点忘了说一件重要的事情。如何将序列导入CLUSTAL X？在MegaAlign中这个很容易，但CLUSTALX不能识别DNASTAR的序列格式，怎么办呢？我通常的办法是先在MegaAlign中将序列导入，不进行Align，直接存成MSF格式，这样在CLUSTAL　X中就能直接使用了！ Alignment是建树分析的关键一步，没有高质量的Alignment，就不可能得出理想的分析结果，要得到高质量的Alignment，必须能熟练掌握各种Alignment程序，所以我在前面才花了许多功夫向大家讲解Alignment过程的各种注意事项。大家可以在各自的实践中逐渐总结经验，找出一套适合自己的Alignment策略，这样比起我在这里讲很多要管用的多！ 建树五步曲之Refining and Improving Alignments 许多人在完成了Alignment就停下来了，直接建树，当然，这样也未尝不可，但是要得到更好的结果，我们还应该多进行一步对数据的处理，那就是Improving and Refining。 这步操作的要将一些排的不好部分从Alignment中去除，而且如果有可能，还要对电脑得出的Align结果进行人工校正(Refine)。为什么要进行这步操作呢？要知道，Alignment中存在着许多有用的信息，但同时也有不少的杂质（Noise)。简单来说，如果一个位点上所有物种都是同源的，那么当然这个位点就具有一定的信息，但有时由于序列分歧时间过长，变异太大，一些高变的区域很难对齐，这样，在这些区域中的位点就很多不是同源的，如果直接进行分析，可以想像会带入不少系统误差，这就是所谓的Noise。 我们在这一步的目标，就是尽可能的将这些影响分析的Noise去除。但我们也知道，甘蔗没有两头甜，在去除Noise和人工校正的过程中，很可能同时也将有信息的位点一同删去了，或者本来正确的位点，我们主观的又将它改错了，所以，在去除Noise和保证信息位点数量两方面我们要根据经验和多次试验来求得一个最佳的平衡。 建树五步曲之Refining and Improving Alignments 对Alignment进行Refining 和 Improving 的常用工具是BioEdit程序，实际上，这个程序是一个综合性分析核酸序列的软件，它有一个非常直观友好的界面，可以对Alignment结果进行所见即所得的编辑，使用起来十分方便。 后缀为aln的CLUSTAL格式和后缀为phy的PHYLIP格式 Alignment文件可以直接在 BioE