实验6 子系统发育分析.docVIP

实验6 分子系统发育分析 一、实验目的： 1、初步了解系统进化树的算法原理 2、掌握利用软件（MEGA）构建系统进化树的一般流程与要点 二、实验内容： 1、以基因env的相应序列构建进化树。提交以NJ方法和UPGMA方法构建的进化树，用p-distance或者J-C替换模型。 2、 【选做】以文献为基础，比较利用序列数据构建的进化树与实际进化树的区别，不同算法，不同序列，不同核苷酸替换模型构建进化树的比较。并简单分析结果。 3、课堂作业 三、实验步骤 1、建立TXT文档，将检索号记于文档中 2、打开NCBI Entrez检索，选择1中TXT文档，搜索其中序列数据。 3、选中序列，导入序列数据（FASTA格式）。 4、打开MEGA5.2，点击Align，选择Edit/Build Alignment，再选择Create a new alignment，选择DNA5、在打开的新窗口中，打开（3）中保存的序列数据，并简化序列名称。6、选择Align，选择Align by ClustalW。弹出窗口select all，系统默认参数。 7、选择Translated Protein Sequences 弹出窗口中选择translate selected sequences 8、点击Data，选择Phylogenetic Analysis 9、原窗口出现三个图标，说明排序、分析完成。 10、点击Analysis，在Phylogeny中分别选择NJ法、UPGMA建树。 11、弹出的窗口中选择以下参数。 12、选择Analysis——Distances——Compute Pairwise Distances，弹出窗口按照构建进化树相同参数设置。课堂作业 选择距离最近的点 A和C，B和E，合并，距离都是4/22 合并点后修改距离矩阵 AC BE D ACBE 8 D 6 8（AC）和D点合并 最后计算距离，填完进化树 ACD BE ACD BE 8四、实验结果 1、N-J法构建进化树结果如下： 2、UPGMA方法构建进化树结果如下： 3、距离矩阵如下：4、【选做】以文献为基础，比较利用序列数据构建的进化树与实际进化树的区别，不同算法，不同序列，不同核苷酸替换模型构建进化树的比较。并简单分析结果。 选择10条p17,，10条env V3区域的DNA，分别做进化树，再合并两个基因，20条再做进化树。结果如下： 用相同的序列，不同的算法，得出的进化树结果是不同的。 用不同的基因构造进化树，其结果不同。论文通过实验得出用env V3片段得出的进化树优于p17，而两者结合得出的进化树则能最优地体现进化过程。由此在构建进化树的过程中，基因片段的选择比算法的选择更为重要。 根据上述结论，我们对算法和基因片段的选择做出分析。 基于距离的算法有两种，分别是UPMGA（非加权算数平均组对法）和N-J（邻接法）。UPGMA的致命弱点在于假定每条序列（物种）进化速率是恒定的，所以它得出的进化树中，从根节点到任何一片叶子的距离都相等。根据分子钟理论，同种蛋白的进化速率大约一致（非绝对一致，不同物种的同种蛋白的进化速率是不同的），不同蛋白的进化速率有显著性差异。所以如果用UPGMA来构建差异较大的蛋白的进化树，则其结果与实际进化树存在较大的差距。而N-J法构建进化树则没有分子钟理论的要求，但是它除了要求所给的序列同源之外，还要求待合并的类远离其他类。所以在所给定的序列与其他类有较大的相似性时，不适宜用N-J法。 DNA序列的进化演变非常复杂。DNA有多种区域，如蛋白质编码区、非编码区、外显子、内含子、侧翼区、重复DNA序列和插入序列等。因此，弄清所研究的DNA类型和功能是十分重要的。即便我们单独考虑蛋白质编码区，密码子第一、二和三位的核苷酸替代式样也不尽相同。此外，DNA的某些区比其他区更易受到自然选择的影响，这也使得DNA的不同区域呈现不同的进化模式。所以在构建进化树时，DNA片段的选择非常重要。 以文献为例，gag基因产生55kD的蛋白p55。p55由病毒编码的一个蛋白酶切成四个小蛋白：MA（p17基质）、CA（p24衣壳）、NC（p9核衣壳）、及p6。 env基因编码约863个氨基酸的前体蛋白并糖基化成gp160，gp120和gp41。gp120含有中和抗原决定簇，已证明HIV中和抗原表位，在gp120 V3环上，V3环区是囊膜蛋白的重要功能区，在病毒与细胞融合中起重要作用。gp120与跨膜蛋白gp41以非共价键相连。gp41与靶细胞融合，促使病毒进入细胞内。实验表明gp41亦有较强抗原性，能诱导产生抗体反应。 进行序列查询可知，介于390-590bp之间，env