单晶结构解步骤.docVIP

shelxtl open new name xp fmol kill $q proj select the good direction exit telp 0 -30 plotfile enter file name draw file name select file(ps file) black and white cell fmol kill $q matr 1=a 2=b 3=c pbox 5 15 pack select (space=keep, enter=del) fmol telp cell enter file name draw file name select file type(a=psfile) black and white(enter) plane xp read file name fmol mpln atom1 atom 2..... enter angle xp read file name fmol mpla n(atom number) atom1 atom 2..... mpla n(atom number) atom1 atom 2..... mpla n(atom number) atom1 atom 2..... enter fmol kill link matr pbox pack undo c**? C**? telp cell xl 计算方法 在ins中任何地方插入 mpla 虚拟平面的原子个数（例如六个原子只有四个可能共平面，即输入4），后面 连续输入可能共平面的4个原子，后面在输入其他两个平面外的原子。 例如c1 c2 c3 c4 c5 n1中，c1 c2 c4 c5 共平面 mpla 4 c1 c2 c4 c5 c3 n1 txt 运行xcif 选择t 两次回车 输入文件名.txt 选择def 回车直到选择q 理论加氢 在ins中输入 HFIX 要加氢的原子 保存ins 运行XL 打开RES 拷贝相应的数据到ins中即可。 CHEMICAL DRAW 选中画笔 点出两个点 按ESC 点选择键 选中画笔 鼠标移动至出现小手 拖动到其他角度。 氢键数据的列出 eqiv $1 x, y, z(对称操作） htab c12 o2_$1(形成氢键的两个重原子） 运行XL命令 在cif和1st文件中即有相关的数据 对称操作的寻找 XP中 cell中扫描NON-B 找到形成氢键的两个重原子 在钻石中找到相应的角 例如C12-H12...O2的角度中的对称操作就是 如有多个氢键 请输入$1, $2.... 解析晶体结构的方法 打开shelxtl 选择new 选择路径 选择raw文件 输入你的文件名（随便） 运行xprep 多个回车键 输入分子式（不知道的输入可能的原子类型） 输入另外一个全新的文件名（例如test，将产生test.ins文件) 询问是否保存新的hkl文件 输入y 回车 上述步骤产生test.ins 选择new 选择路径 选择刚产生的test.hkl文件 运行xs 程序自动调入test.ins文件 如在黑色屏幕的最下行显示re0.3(例如0.289) 则可以解出结构 上述步骤产生test.res文件(如您保存的res文件名为test) ******** 运行xp 自动调入test.res文件 fmol proj 选择好的方向,可以观察到很多原子,包含您的分子模型 pick 删除不是你分子模型的其他Q原子(保留:空格键;定原子:直接输入原子编号并回车 去掉:回车;错误更改:回车后再back键) 在闪烁的Q原子上直接输入原子类型和编号,一般新产生的环编号较小 回车 HADD (一般加入所有H原子) 如有的氢加错误可以去掉所有氢(kill $h 也可以选择性例如去掉h18(kill h18) 单独加氢(hadd 氢所连接的非氢原子 类型) 类型(1:叔氢 2:亚甲基 3:甲基 4:芳氢 proj 观察分子包括氢是否对 file test(如您保存的ins文件名为test) exit 上述步骤产生test.ins(如您保存的ins文件名为test) 运行xl 自动调入test.ins文件 产生test.res, test.cif, test.lst文件 运行xshell 自动新产生的test.res文件 选择edit中的去掉所有的Q 运行refine 选择aniso, bond, acta cycle 任意选择非0数值 运行 产生test.res, test.cif, test.lst文件 打开test.cif, 观察r1(0.07) good of factor(接近1) max(0.001,或0.000) 不行重复******** 画图中如有的氢键不能显示