生物信息学45183.ppt

生物学背景？★★★分子生物学／基因工程 数学？★统计学，模型，算法 计算机科学背景？ ★Linux/Perl/PHP/JAVA/C++/Visual Basic 生物信息学？－－新兴的交叉学科 So,采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家 生物信息学的学习人员： 1）学习生物信息学是为了发展生物信息学—— 计算机科学家 2）学习生物信息学是为了应用生物信息学—— 生物学家 我们属于…… Course content 生物信息学的资源 生物信息学的工具 生物信息学的原理 生物信息学的分析思路 生物信息学软件的编写 能够学有所用是根本！多练习 第一章生物信息学引论 生物信息学的应用 –医学 新药物设计 基因芯片疾病快速诊断 流行病学研究：SARS 人类基因组计划 寄生虫基因组计划：基因芯片 复习提问:1.简述人类基因组研究计划的历程.2.我国自主知识产权的基因组测序计划有哪些采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家 20世纪50年代，生物信息学开始孕育 20世纪60年代，生物分子信息在概念上将计算生物学和计算机科学联系起来 20世纪70年代，生物信息学的真正开端(序列比对算法) 20世纪80年代初期，生物信息分析方法的发展 20世纪80年代以后，生物信息服务机构和数据库 20世纪90年代后 ，HGP促进生物信息学的迅速发展 1956: 美国田纳西州首次召开了“生物学中的理论研讨会”； 1962: Zucherkandl和Pauling研究了序列变化与进化的关系，开创了一个新的领域——分子进化； 1967: Dayhoff研制出蛋白质序列图集，即后来著名的蛋白质信息源PIR； 1970: Needleman和Wunsch提出了著名的序列比对算法，是生物信息学发展中最重要的贡献； 1970: Gibbs和McIntyre发表著名的矩阵打点做图法； 1978: Gingeras等人研制了核酸序列中酶切位点识别程序； 1981: Smith和Waterman提出了著名的公共子序列识别算法，同年Doolittle提出了关于序列模式的概念； 1982: GenBank第3版本正式发行； 1983: Wilbur和Lipman发表了数据库相似序列搜索算法； 1986: 日本核酸序列数据库DDBJ诞生； 1986: 蛋白质数据库SWISS-PROT诞生； 1988: 美国国家生物技术信息中心NCBI诞生； 1988: 成立欧洲分子生物学网络(EMBNet)，EMBL数据库诞生； 1988: Person和Lipman发表了著名的序列比较算法FASTA； 1990: 快速相似性序列搜索算法BLAST问世，1987年BLAST的改进版本PSI-BLAST投入使用 1996: Affymetrix生产出第1块DNA芯片。 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。 收集、加工、储存：计算机科学家 分析、解释：生物学家 概念（狭义） 第一部遗传密码已被破译，但对密码的转录过程还不清楚，对大多数DNA非编码区域的功能还知之甚少 对于第二部密码，目前则只能用统计学的方法进行分析 无论是第一部遗传密码，还是第二部遗传密码，都隐藏在大量的生物分子数据之中。 生物分子信息的特征 生物分子信息数据量大 生物分子信息复杂 生物分子信息之间存在着密切的联系 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 数据库搜索及序列比较 AAGCTTAACGT AATCTTA -CGT 生物信息学主要研究内容 1、生物分子数据的收集与管理 2、数据库搜索及序列比较 3、基因组序列分析 4、基因表达数据的分析与处理 5、蛋白质结构预测 基因组序列分析 遗传语言分析——天书 基因组结构分析 基因识别 基因功能注释 基因调控信息分析 基因组比较 生物