细菌的基因预测以及注释.docxVIP

Whole-genome Annotation of an A.baumannii strain A.baumannii ACICU PAGE \* MERGEFORMAT1 Whole-genome Annotation of an A.baumannii strain A.baumannii ACICU 摘 要 随着新一代测序技术的发展，微生物全基因组测序的成本大大减少，DNA序列的生成速度已远远超过其基因的注释速度。功能基因组学的研究已经成为当今研究的主流。然而如此多的数据对现有的基因注释工具提出了巨大的挑战。本研究通过对A.baumanii ACICU染色体序列使用GeneMarks进行基因预测，预测到了3718个基因，然后使用RAST进行基因注释，共注释到了3683个功能基因，将得到的结果与原文献中所注释到的基因进行对比。最后得到结论，基因的预测与注释都需要综合不同软件的结果进行分析，才能得到较为准确的结果。本研究为原核生物全基因组的注释提方法供了参考。 关键字：基因注释 全基因组 鲍曼不动杆菌 GeneMarks RAST 目录 TOC \o 1-3 \h \z \u HYPERLINK \l _Toc452831152 1. 引言（Introduction） PAGEREF _Toc452831152 \h 3 HYPERLINK \l _Toc452831153 1.1. 背景介绍 PAGEREF _Toc452831153 \h 3 HYPERLINK \l _Toc452831154 1.2. 全基因组注释软件 PAGEREF _Toc452831154 \h 3 HYPERLINK \l _Toc452831155 1.3. A.baumannii ACICU相关 PAGEREF _Toc452831155 \h 4 HYPERLINK \l _Toc452831156 2. 材料与方法（Methods and Materials） PAGEREF _Toc452831156 \h 5 HYPERLINK \l _Toc452831157 2.1. 使用GeneMarks进行ORF预测 PAGEREF _Toc452831157 \h 5 HYPERLINK \l _Toc452831158 2.2. 使用RAST进行功能基因注释 PAGEREF _Toc452831158 \h 6 HYPERLINK \l _Toc452831159 3. 结果与讨论（Results and Discussion） PAGEREF _Toc452831159 \h 8 HYPERLINK \l _Toc452831160 3.1. 使用GeneMarks预测ORF的结果以及分析 PAGEREF _Toc452831160 \h 8 HYPERLINK \l _Toc452831161 3.2. 使用RAST进行功能基因注释结果以及分析 PAGEREF _Toc452831161 \h 9 HYPERLINK \l _Toc452831162 3.3. 综合分析 PAGEREF _Toc452831162 \h 10 HYPERLINK \l _Toc452831163 参考文献 PAGEREF _Toc452831163 \h 10 引言（Introduction） 背景介绍 一个完整的基因组是指组成一个生物体全部DNA的集合。想要完全了解一个生命体，首先需要知道它的全基因组序列，因为生命体本身的遗传信息是不会轻易改变的。 基因组研究包括两方面内容：（1）以全基因组测序为目标的结构基因组学（2）以基因功能鉴定为目标的功能基因组学，也叫后基因组（postgenome）研究。其中结构基因组学的重点就是利用高通量测序仪进行全基因组测序。随着测序的完成，功能基因组学研究成为研究的主流。功能基因组学的研究内容很多，主要包括：基因组表达调控的研究、基因信息的识别和鉴定、基因功能信息的提取和鉴定、基因多样性分析、比较基因组学等。 随着新一代测序技术的发展，微生物全基因组测序的成本大大减少，DNA序列的生成速度已远远超过其基因的注释速度。现阶段超过300个细菌基因组序列已可以在公开数据库中查询，同时有更多的微生物基因组序列测序工作即将完成并在近期发布。如何利用这些原始序列信息来更好的了解微生物中诸如基因的识别和注释、蛋白质的结构和功能等生物学知识，这是我们现阶段要做的重要工作。 传统上，人们用实验方法验证基因组中的蛋白质编码基因，但这种方法费时费力，且带有较大的盲目性。因此，基因组注释不可避免要依靠自动化注释软件，采用自动化注释对生物序列特别