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Cytoscape教學 簡介 Cytoscape是建立於oper-source網路上的視覺化和分析軟體。使數據與視覺化效果做結合。此軟體在於可建立插座式(Plug in)的擴展 啟動Cytoscape Cytoscape可以在Linux，Windows，和Mac OS X上執行，但是必須在電腦上安裝Java SE 5 或 6。以及下載Cytoscape時，可點選您所使用的作業系統，安裝。 The Menus The Menus File File Edit Ex：若要新增Yahoo的連結的話，則在Edit→　　Preferences → Properties...中新增一個　　Property Name為nodelinkouturl.Yahoo，且Value　　為/search?fr=fp-tab-　　web-tei=UTF-8p=%ID%的值，即會出現↓ View VizMapper introduction visual styles Introduction Define 按下Define後會出現VizMapper視窗來設定，在VizMapper裡，分別有節點屬性(NodeAttribute)、線屬性(Edge Attribute)、全域設定(GlobalDefaults)，三大主選項。 NodeAttribute Define Border Color：改變節點線的顏色。 Node Label Color：設定標籤顏色。 Node Label Position：設定節點名稱在哪個位置上↓ NodeAttribute Border Color：改變節點線的顏色。 Node Label Color：設定標籤顏色。 Node Label Position：設定節點名稱在哪個位置上↓ Node Shape：設定不同的形狀的圖案區別。 Node Size：改變節點的大小。 Node Label：設定標籤的名稱。 Node Font：設定節點字體大小。 Node Color：改變節點的顏色。 Node Line Type：節點邊線的類型。 　這些設定還有個主要的判定，就是映射方式。舉例來 說，我們要設定節點顏色的話，需先點選預設好的映射 或者自訂一個新的映射方式，來作為分別顏色的判斷。 若New新增所要的映射方式時，有三種不同的視覺映射 程式可以選擇分離式映射程式(Discrete Mapper)、上漲成 本映射程式(Passthrough Mapper)、連續式映射程式 (Continuous Mapper)。 實例：以更改節點顏色為例，先命名新的樣式為new並點選連續式映射程 式，這時於Map Attribute選擇Node_Color_Shape作為條件，並以2作 為區分，若小於2則顯示綠色，等於2則顯示紫色，大於2則顯示藍 色。最後點擊Apply to Network應用於網路，如圖所示。 EdgeAttribute Edge Target Arrow： 　設定目的箭頭的形狀。 Edge Label： 　設定標籤的文字。 Edge Font： 　 設定標籤的字體。 Edge Label Color： 　設定標籤的顏色。 Edge Color： 　 設定線的顏色。 Edge Line Type： 　設定線的類型。 Edge Source Arrow： 　設定來源位置的箭頭形狀 實例：將線的來源設定為，將線的目的設為，再將Edge Color，在Mapping裡選擇BasicDiscrete，在Map Attribute 下拉選至interaction，並選擇顏色，點擊Apply to Network應用於網路。則為↓ Global Defaults Background Color： 設定其背景顏色。 Selected Node Color 1： 設定點選節點時的顏色。 Selected Node Color 2： 設定由CytoPanel２選取的節點顏色。 Selected Edge Color 1： 設定點選線的顏色。 Selected Edge Color 2： 設定由CytoPanel２選取的線顏色。 Select Search Cytoscape設定 完搜尋的條件後，於快速搜尋 中打入部分字即可找尋其設定名稱。 實例：假設ID為搜尋條件，要找尋m123這個節點的