第3讲蛋白质的结构体系.pptVIP

结构域-模体和结构域的区别 模体（motif）即超二级结构，简言之，就是二级结构有规律的组合。例如螺旋-环-螺旋，贝塔折叠的组合、阿而法螺旋组合等。再比如亮氨酸拉链、锌指结构都是典型的模体，它们执行一定的功能，即模体即是结构的单位，又是功能单位，他们可直接作为结构域和三级结构的建筑块。某些蛋白质因子与DNA大沟结合的部位靠的就是某些特异的模体。 结构域（domain）是指在较大的蛋白质分子中形成的某些在空间上可以辨别的结构，往往是球状压缩区或纤维状压缩区。它们也既是结构单位，又是功能单位。例如免疫球蛋白的功能区就是结构域。 显然模体与结构域是不同的概念。 catabolite: 分解代谢产物 catabolite: 分解代谢产物 上述的区块 domain 概念，有深一层的意义。经常会在不同的蛋白质分子上，看到相似的区块，有相似的氨基酸序列，行使类似的功能。这些相似的区块，是如何来的？ 原来分子世界也有抄袭的现象，一个好用的分子构造，可能被利用在不同的分子中，行使类似的功能，但又稍加修饰后，成为另一个蛋白质。例如，上图中的 domain X 分别与 domain A 与 domain B 形成两种蛋白质。这种组合是发生在基因层次，早期 domain X 可能由独立基因所指导转译，后来因为此基因的自我复制，并与其它功能的基因合并，遂衍生了今日的种种混成基因。 domain X domain A domain X domain B 复杂的 domain 利用与重组情形，可以组成各种不同功能的蛋白质。 Chymotrypsin 与其它三种蛋白质，都有相同的蛋白质裂解 domains (椭圆形)，因此基本上都是蛋白质水解酶；但是它们的分子上面，还各有独特的 domains，赋予不同的功能。 例如：表皮细胞的生长因子 (六角形)、结合钙离子 (三角)、kringle domain (正方形)。 plasminogen: 纤溶酶原 Pyruvate：丙酮酸盐(或酯) EtOH 结构域 (Domain) Gly-3-P Dehydrogenase ■ 分子演化： 一个有用的 domain 可被反复利用 Domain 在早期可能是独立的基因，演化过程中一再地被重复拷贝使用，并可以不同的组合形式出现。其实这不难想象，若分子演化果真是事实的话，则地球上所有的基因，都将溯源到亘古的一条或少数几条巨分子，以后所有的巨分子都是由这些『基因夏娃』所衍生出来的，因此互相盗用或相类似也不足为奇。 甘油醛脱氢酶、乳酸脱氢酶、苹果酸脱氢酶和醇脱氢酶是具有相似功能的不同蛋白质，都含有结构相似的辅酶结构域。 类似的蛋白质区域经常被重复使用 分子层次的世界也经常发生互相抄袭的事 Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.122 Comparison of DNA-binding homeodomains from two organisms separated by more than a billion years of evolution.????(A) Schematic of structure. (B) Trace of the alpha-carbon positions. The three-dimensional structures shown were determined by x-ray crystallography for the yeast alpha2 protein (green) and the Drosophila engrailed protein (red). (C) Comparison of amino acid sequences for the region of the proteins shown in (A) and (B). Orange dots demark the position of a three amino acid insert in the alpha2 protein. 更复杂的 domain 互用关系 Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.146 胰凝乳蛋白酶 尿激酶 纤溶酶原 凝血因子IX Chymotrypsin 与其它三种蛋白质，都有相同的蛋白质裂解 domains (椭圆形)，因此基本上都是蛋白质水解酶；但是它们的分子上面，还各有独特的 domains，赋予不同的功能。 例如：表皮细胞的生长因子 (六角形)、结合钙离子 (三角)、kringle domain (正方形)。 结构域 (Domain) ■ 结构域运动 每个结构域