第5章序列分析(免费阅读).pptVIP

contents 5.1核酸序列检索 5.2分子质量、碱基组成、碱基分布、序列转换、核酸序列基本分析 5.3限制性酶切分析 5.4克隆测序分析 5.5测序中载体序列的识别与去除 5.6核酸序列拼接 5.7核酸序列的电子延伸 5.8开放阅读框（ORF）分析 5.9基因组序列编码区/内含子结构分析 5.10 CpG岛分析 5.11 cDNA和Genomic DNA比对 5.12基因启动子分析 5.1核酸序列检索 5.2分子质量、碱基组成、碱基分布、序列转换酸序列基本分析 得到的结果 5.3限制性酶切分析 1.以DNAMAN为例 2.以BioEdit软件为例 5.4克隆测序分析 测序峰图查看 为了核实测序的准确性，往往需要对测序峰文件进行直接分析。Windows环境下最简单的峰图查看程序是澳大利亚的Chromas.exe程序，这是一个专业程序，运行快、操作简单。 其它的软件还有BioEdit和DNAMAN等也都具有该功能。 DNAMAN查看测序峰图 5.5测序中载体序列的识别与去除 5.6核酸序列拼接 5.7核酸序列的电子延伸 通过RACE实验能有效解决全长cDNA问题,但此实验操作要求高，具有耗时、耗财、耗力等缺点。 电子克隆 基本过程 将待分析核酸序列（或蛋白序列，称为种子序列）用blast软件搜索GenBank的EST数据库，选择与之具有较高一致性的EST序列（称匹配序列）。 将匹配序列与种子序列装配产生新生序列，此过程称为片断重叠群分析（Contig Analysis）。（如果种子序列不是核酸，则不必拼装新序列） 以新生序列作为种子序列重复上述过程，直至没有新的匹配序列入选，从而生成最后的新生序列，作为对种子序列的延伸产物。 对延伸产物进行ORF分析，确定cDNA的完整性。 例：以拟南芥（Arabidopsis thaliana）Cu-ZnSOD的蛋白质序列（P24704）为种子序列，电子克隆水稻（rice）的Cu-ZnSOD基因的过程。 CAP：contig assembly program 提交后的结果 如果提交的序列超过50kb，则无法拼装，需减少序列 5.8开放阅读框（ORF）分析 mRNA序列需要翻译为蛋白质才能发挥其生物学作用，因此核酸序列的可读框架（Open Reading Frame，ORF）分析也是核酸序列分析一个重要方面。对真核生物而言，一条全长cDNA序列将只含有单一的开放阅读框。非全长cDNA序列如ESTs，通过所有位相搜索也可很快获得结果。GenBank的ORF Finder是一个较好的ORF分析网络资源。 地址：/gorf/gorf.html 可以在NCBI首页的右边一栏中直接点击ORF Finder链接进入ORF分析页面。 1：NCBI ORF Finder在线确定ORF Kozak规则 所谓Kozak规则，即第一个ATG侧翼序列的碱基分布所满足的统计规律。 若将第一个ATG中的碱基A，T，G分别标为1，2，3位，则Kozak规则可描述如下： (1) 第4位的偏好碱基为G； (2)ATG的5’端约15bp范围的侧翼序列内不含碱基T； (3)在-3，-6和-9位置，G是偏好碱基； (4)除-3，-6和-9位，在整个侧翼序列区，C是偏好碱基。 Kozak规则是基于已知数据的统计结果，不见得必须全部满足，一般来说，满足前两项即可。 2：本地化软件进行ORF分析 5.9基因组序列编码区/内含子结构分析 真核生物的基因组中内含子的分析：真核生物基因组的分析比较麻烦，难于准确判断内含子和外显子区域，也即难于准确地对编码区域进行预测。进行基因组序列编码器/内含子结果分析的软件，如GENSCAN（/GENSCAN.html）等。 tRNA内含子的分析：可以用tRNAscan-SE分析（/tRNAscan-SE/） GENSCAN：现有的服务器设在MIT，主要应用于完整基因的预测，包括基因组序列中的外显子、内含子、启动子、多聚腺苷酸信号位点、供体与受体剪切位点的预测。适用于脊椎动物、玉米、拟南芥等不同物种的基因预测。适用于脊椎动物的版本在被用于果蝇DNA序列的基因预测也取得很好的结果。GENSCAN是进行基因预测的首选工具，但存在过分估算基因数目问题。 tRNAscan-SE 5.10 CpG岛分析 CpG岛：是一些富含GC的小区域，大小范围为0.5～5kb，基因中平均每100kb即可出现。因这些区域未发生甲基化，故富含CpG(60～70％)，目前认为，基因表达与CpG岛甲基化程度呈负相关。CpG岛经常在脊椎动物基因的5’区域发现，其中80％的人类基因的转录起始位点前存在CpG岛。因此相对于寻找结构复杂的转录起始位点和基因的5’端，CpG岛是发现基因的重要线索，特别是通过cDNA法难以实现时更是如此。 ht