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生物信息学软件介绍 蛋白质与酶：包括与蛋白质和酶有关的各种分析软件 名称 ANTHEPROT 时间 版本 5.0 操作平台 DOS 功能简介 蛋白序列分析软件包ANTHEPROT 5.0，包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容，功能非常强大。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。强烈推荐,所有研究蛋白的人员均应使用。分析蛋白序列所需要的Prosite蛋白数据库 1.4兆 与Swiss-Prot蛋白数据库39版，90兆左右，压缩格式，含有86′593个蛋白序列条目，近3000万个氨基酸残基组成。已放在生物软件光盘中。下载后，将其放置在ANTHEPROT 5.0同一个目录，便可在本地使用程序的检索功能，不需联网查询。 名称 CONSENSE 时间 版本 操作平台 功能简介 CONSENSE用于识别序列（蛋白）结构域，提高比对效率，Toggling between file formats，并从比对中获得保守序列片段. 名称 Epitlot 时间 October 1989 版本 1.0 操作平台 DOS 功能简介 Epitlot可以从蛋白质的一级结构预测它们的B细胞和T细胞抗原位点。本程序用13种不同的尺度(scales)计算和划分flexibility,hydrophilicity and antigenicity profiles，然后利用抗原结构已知的蛋白来选择预测较为准确的尺度。T细胞抗原决定基预测的基础是已发表的法则，那就是algorithms focused on amphiphilic structures and characteristic sequence patterns 名称 Ez-fit 时间 November 14,1988 版本 1.1 操作平台 DOS 功能简介 Ez-fit 是一个用于分析酶动力学( enzyme kinetic)数据的curve-fitting 程序。它是一个交互软件，它可以填充实验数据到模式方程中(fits experimental data to a variety of model equations)去。本程序专为酶动力学或受体动力学数据(enzyme or receptor kinetic data)的衰退 分析(regression analysis)而设计。它提供可靠的参数来评估和测定填充到所选择模型的数据的正确性。Ez-fit提供的功能有：data entry, editing, filing, and plotting。本软件可以一次分析90个数据对(data pairs)。 名称 FAST 时间 May 1989 版本 操作平台 DOS 功能简介 FAST用于研究蛋白质的结构，它可以根据特殊氨基酸的参数绘出蛋白质的外形轮廓。 名称 MACAW 时间 版本 2.05 操作平台 DOS 功能简介 多序列构建与分析工作台软件(Multiple Alignment Construction Analysis Workbench, MACAW)是一个用来构建与分析多序列片段的交互式软件。MACAW具有几个特点：1. 新的搜索算法查寻类似区，消除了先前技术的许多限制;2. 应用一个最近发展的数学原理计算block类似性的统计学显著性;3. 使用各种视图工具，可以评估一个候选block包含在一个多序列中的可能性;4． 可以很容易地编辑每一个block。在多序列中查找一个类似片段并不是一件简单的事，主要是因为要查找的量极大。这正式MACAW所要解决的问题。 名称 ProfileGraph 时间 October 1991 版本 1.3 操作平台 Windows95/98 功能简介 ProfileGraph可以帮助用户分析蛋白质序列。它通过绘出序列的外形图(plotting profiles of the sequence)到显示器或不同的输出设备上来完成这一点。这些外形图源自于应用特殊的氨基酸参数(application of amino-acid specific parameters)，一个著名的例子是hydrophobicity plot。 名称 PrimerGen 时间 版本 1.1 操作平台 DOS