14 合成生物学.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 18 July 05. Method: Rough Google search. Thus not a thorough survey. No academic facilities. * Synthesize around 50-70bp * DNA 合成速率过去10 年增加了700 倍以上, 每年都在翻番。更为重要的是利用可编程的DNA微芯片, 实现了精确的多通道基因合成, 从而可在短时间合成大的DNA 片段, 而且错误率很低, 组装一个14.6kb 的DNA 只有两个错误, 这就导致DNA 的合成成本大大降低。 Commercial DNA Synthesis Companies Data Source: Rob Carlson, U of W, Seattle Bioneer South Korea Cinnagen Tehran, Iran Takara Biosciences Dalian, China Inqaba Biotec Pretoria, South Africa Fermentas Vilnius, Lithuania Bio ST, Alpha DNA, Biocorp Montreal, Canada GENEART Regensberg, Germany MWG Bangalore, India Zelinsky Institute Moscow, Russia ScinoPharm Shan-hua, Taiwan Genosphere Paris, France Biolegio Malden, Netherlands Ambion Austin, Texas Biosearch Novato, California Bio-Synthesis Lewisville, Texas Chemgenes Wilmington, Mass. BioSpring Frankfurt am Main, Germany Biosource Camarillo, CA Dharmacon Lafaette, Co. CyberGene AB Novum, Sweden Cortec DNA Kingston, Ontario, CA Eurogentec Belgium, U.K. DNA Technology Aarhus, Denmark Genemed Synthesis S. San Francisco, CA DNA 2.0 Menlo Park, CA Metabion Munich, Germany Microsynth Balgach, Switzerland Japan Bio Services Japan Blue Heron Biotechnology Bothell, WA Geneworks Adelaide, Australia Imperial Bio-Medic Chandigarh, India Bioserve Biotechnologies Hyderabad, India Genelink Hawthorne, NY. DNA Synthesis (Caruthers method) Error Rate: 1% 0.9950 = 0.60 300 seconds per step Microarray oligonucleotide synthesis 2 生物基因组的人工合成、简化与重构 2002年，脊髓灰质炎病毒（Poliobirus)的全基因组（7500bp） 2003年，J.C.Venter的研究小组合成了噬菌体ΦX174基因组（5386bp)； 2005年美国研究人员人工合成了1918年造成了全世界上千万人死亡的“西班牙流感病毒”； 2008年， Venter小组又合成了生殖道支原体(Mycolasma genitalium)基因组（582790kb），这是第一个人工合成的原核生物基因组； 2008年12月，Becker等设计并合成了重组的蝙蝠SARS样冠状病毒； 2010年5月，Venter小组又人工合成了蕈状支原体基因组，实现了第一个具有人造基因组的活细胞； 同年10月，该小组等使用8个只含有60个核苷酸的DNA片段，在5天内合成出了实验鼠的线粒体基因组，得到的基因组能够纠正具有线粒体缺陷的细胞内的异常 Venter小组实验鼠 的线粒体基因组 合成方法示意图 “最小基因组”和“必需基因组” 现已对14种原核生物和7种真核生物基因组进行了实验，鉴别出1万余个必需基因，存放在必需基